如何根据生物工程中的位置列表过滤对齐列？

Question

基于biopython帮助页面这里，我可以根据第一个或最后10个筛选对齐列，甚至可以使用

align[:, :10] + align[:, -10:]

align是一个MSA对象，使用

from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")

但是，可以根据位置列表提取列吗？例如，如果我有以下列表：

a=[12, 52, 68,45]

是否有方法从对齐align中仅提取这些列。

一个名为R的bio3d包可以通过提供列表作为输入(通过to：filtered_align = align[, a])来帮助筛选对齐，但是如果我可以从python中使用它，那就太好了。

谢谢

Answer 1

根据Biopython文档，您可以使用

align[:, x]

因此，以下几点应该为你做好这项工作：

from Bio import AlignIO

align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")
indices = [12, 52, 68, 45]
columns_as_strings = []

for column in indices:
    columns_as_strings.append(align[:, column])