为什么找不到Biopython的输出文件？

Question

我用的是Mac电脑。我一直在尝试使用肌肉在Python中进行多序列比对。这是我一直在运行的代码：

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from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(input="testunaligned.fasta", out="testunaligned.aln", clwstrict=True)
print(cline)
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(open("testunaligned.aln"), "clustal")
print(align)

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我一直收到以下错误：

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FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'testunaligned.aln'

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有人知道我怎么解决这个问题吗？一般来说，我对Python和计算机科学是非常陌生的，我完全不知所措。谢谢!

Answer 1

代码中的cline是使用所有参数初始化的MuscleCommandline对象的实例。初始化后，此实例可以运行肌肉，但只有在您调用它时才会执行此操作。这意味着您必须调用cline()

当您简单地print cline对象时，它将返回一个与您可以在命令行上手动运行的命令相对应的字符串，以获得与您调用cline()时相同的结果。

下面是工作代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(
    input="testunaligned.fasta", 
    out="testunaligned.aln", 
    clwstrict=True
)
print(cline)
cline() # this is where mucle runs
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(open("testunaligned.aln"), "clustal")
print(align)