用于从PYTHON中的比对文件类型创建所有序列的成对组合的函数

Question

因此，我最近启动了一个关于序列比对的项目，并一直使用独立的软件程序'MAFFT‘来比对一些BRCA1序列(通过。命令行)

我需要创建一个函数，它将产生所有的成对组合从aln文件，我已经产生使用MAFFT。然而，有人告诉我，硬编码对齐并不是一种好的做法，例如first_alignment=align[0], second_alignment=align[1]。

我已经使用以下代码解析了aln文件：

from Bio import AlignIO

align = AlignIO.read(aln_1, "clustal")
print(align)

align = AlignIO.read(aln_2, "clustal")
print(align)

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现在我需要一个函数来产生所有可能的成对组合，这样我就可以比较序列并寻找转换/颠换、插入/替换、SNPs或任何生物学意义。

会很感谢你的帮助！

谢谢。

Answer 1

您可以遍历每个对齐，如官方biopython站点上所示：

for record in alignment :
    print(record.seq + " " + record.id)

要获取这两条记录，您可以添加一个内部循环，如下所示：

align1 = AlignIO.read(aln_1, "clustal")
align2 = AlignIO.read(aln_2, "clustal")

for record1 in alignment1 :
    for record2 in alignment2:
        # do comparison here

对于pairwise module的组合，我认为有你想要的东西。

该页面中的一个示例是：

from Bio import pairwise2
alignments = pairwise2.align.globalxx("ACCGT", "ACG")

您可以调整它并将两个记录(在双循环中)作为参数传递给gloablxx，如下所示：

alignments = pairwise2.align.globalxx(record1, record2)

希望这就是您要找的！:)