R {ape}群集找不到clustalw2

Question

我是R的初学者。

我想使用ape包中的R clustal函数来处理我的DNA序列，这样我就可以使用{pegas}进行进一步的分析。

但是，当我第一次尝试手册中提供的示例时：

clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2")

但我得到了一个错误消息：

/bin/sh: clustalw2: command not found
Error in file(file, "r") : cannot open the connection. In addition: Warning massage: In file(file, "r") : cannot open file '/var/folders/vm/fzyykk3x21g55fdvpctj7s900000gn/T//Rtmp0RjsMr/input_clustal.aln' ：No such file or directory

我想知道如何解决这个问题？顺便说一下，我使用的操作系统是MacOS10.9。谢谢。

Answer 1

确保您已经安装了clustalw2。从此处下载*.msi：

http://www.clustal.org/download/current/

然后运行

需要(Ape)修复(群集)

确保clustal函数的以下部分：

shortPathName("C:/Program Files/ClustalW2/clustalw2.exe")

完美地...matches你系统中的clustalw2.exe的位置。也可以将所有的"/“换成"\”。

希望这对我很管用...