找不到PHP shell_exec()命令

Question

我需要使用php执行一个程序，所讨论的文件是ClustalW (clustalw2)。我的apache用户是使用fish shell的http，因此我将clustalw2移动到/srv/http/Clustal，并将dir添加到fish路径。

如果我登录到http，使用终端并运行clustalw2 -INFILE=input_file -OUTFILE=output_file，一切都按预期工作。

但是每次我运行shell_exec('clustalw2 -INFILE=input_file -OUTFILE=output_file');时，什么都不会发生，我得到了一个错误日志：sh: line 1: clustalw2: command not found

如果我运行

：

<?php
echo "USER: ".shell_exec('whoami')."<br>";
echo "SHELL: ".shell_exec('echo "$SHELL"')."<br>";
echo "WHICH clustalw2: ".shell_exec('which clustalw2');

输出：

用户: http

外壳: /usr/bin/fish

哪个clustalw2：

如果我使用http用户在终端中运行which clustalw2：

/srv/http/Clustalw/clustalw2

Answer 1

您的程序找不到clustalw2，因为clustalw2不在$PATH中。

在您的示例中，最简单的解决方案是将clustalw2替换为完整路径，/srv/http/Clustalw/clustalw2作为shell_exec的第一个参数。