用变量扩展名重命名多个文件，以删除文件名的开头和结尾

Question

我有多个文件需要重命名如下：

5891_1_0_AD3884_ACTCTCGA_S10.bam
5891_1_0_AD3884_ACTCTCGA_S10.bam.bai
5891_1_AD3875_GAGCTTGT_S1.bam
5891_1_AD3875_GAGCTTGT_S1.bam.bai
5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R1.bam
5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R2.bam.bai

除AD*外，我希望删除所有内容，以便生成的文件名为：

AD3884.bam
AD3884.bam.bai
AD3875.bam
AD3875.bam.bai
AD3876.bam
AD3876.bam.bai

AD之前和之后的下划线("_")的数量并不总是一致的。目前，AD之后总是有4位数，但将来可能会增加到5位。

理想情况下，参数扩展的bash解决方案将是很棒的(在Linux环境中工作)，尽管我尝试过这一点，但没有成功。sed、awk、grep或最后重命名解决方案也是可能的，尽管我尝试过许多版本的解决方案，但都没有成功。任何帮助都将不胜感激。

更新

@steeldriver的重命名解决方案工作得很好。

我能够通过以下修改使@Boba的解决方案工作：

for file in *
do
 fn=AD"${file#*AD}"
 ext=${file#*.}
 mv $file rename/${fn%%_*}.${ext}
done

新编辑

另一个问题是，AD也可能是小写(ad)。例如：

5891_1_0_ad3884_ACTCTCGA_S10.bam
5891_1_0_ad3884_ACTCTCGA_S10.bam.bai
5891_1_AD3875_GAGCTTGT_S1.bam
5891_1_AD3875_GAGCTTGT_S1.bam.bai
5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R1.bam
5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R2.bam.bai

对于最终结果，如果它们都是大写的(AD)，则可以：

AD3884.bam
AD3884.bam.bai
AD3875.bam
AD3875.bam.bai
AD3876.bam
AD3876.bam.bai

但我需要能够识别大写和小写(大小写不敏感)的输入。

Answer 1

我已经为你写了一个bash脚本

#!/bin/bash
for file in *
do
 name=$(echo "$file" | tr '[:lower:]' '[:upper:]')
 name=AD${name#*_AD}
 name=${name::6}
 extension=${file#*.}
 mv ${file} ${name}.${extension}
done

使用#，我删除了与*_AD匹配的字符串前面的所有(最小的)部分。在下一行中，我将Sting的最大长度减为6。我使用remogin编写扩展，该扩展部分与*.匹配。

然后我们将文件移动到${name}.${extension}。

希望一切顺利。

Answer 2

使用基于perl的rename：

$ rename -n 's/.*(AD\d+).*?[.](.*)/$1.$2/' *.ba[im]
rename(5891_1_0_AD3884_ACTCTCGA_S10.bam, AD3884.bam)
rename(5891_1_0_AD3884_ACTCTCGA_S10.bam.bai, AD3884.bam.bai)
rename(5891_1_AD3875_GAGCTTGT_S1.bam, AD3875.bam)
rename(5891_1_AD3875_GAGCTTGT_S1.bam.bai, AD3875.bam.bai)
rename(5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R1.bam, AD3876.bam)
rename(5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R2.bam.bai, AD3876.bam.bai)

一旦您高兴地看到-n正在做正确的事情，就删除它。