当在Awk中使用时，参数展开在其中一个列项上无效

Question

系统: Linux。巴什4号。

我有以下文件，它将作为变量读入脚本中：

/path/sample_A.bam A 1
/path/sample_B.bam B 1
/path/sample_C1.bam C 1
/path/sample_C2.bam C 2 

我想在第一列的文件名末尾添加"_string“，但在扩展名(.bam)之前。因为在名称的开头包含路径，所以比较棘手。

期望输出：

/path/sample_A_string.bam A 1
/path/sample_B_string.bam B 1
/path/sample_C1_string.bam C 1
/path/sample_C2_string.bam C 2 

我的尝试：，我做了以下脚本(我运行: bash script.sh)：

List=${1};
awk -F'\t' -vOFS='\t' '{ $1 = "${1%.bam}" "_string.bam" }1' < ${List} ;

其产出是：

${1%.bam}_string.bam
${1%.bam}_string.bam
${1%.bam}_string.bam
${1%.bam}_string.bam

问题：--我遵循了使用awk作为这个线程https://unix.stackexchange.com/questions/148114/how-to-add-words-to-an-existing-column中的替换的想法，但是参数${1%.bam}的扩展显然没有像我想的那样被AWK所识别。有人知道这部分代码的正确语法吗？该部分的意思是“除.bam的最后一部分外，第一列的所有第一项”。我使用${1%.bam}是因为它在Bash中工作，但是AWK --它是另一种语言，这可能是不同的。谢谢!

Answer 1

如果我正确理解了您的要求，请您试一试。

val="_string"
awk -v value="$val" '{sub(".bam",value"&")} 1'  Input_file

简要说明： -v value的意思是在这里将名为val值的shell变量传递给awk变量variable。然后利用awk的sub函数将字符串.bam替换为字符串值和&也表示的.bam值。然后提到1意味着打印编辑/非编辑行。

为什么OP的尝试没有成功：亲爱的，OP。在awk中，我们不能在awk语言中直接传递shell的变量。因此，您要尝试的不是将其作为awk变量，而是将其视为字符串并按原样打印。我在上面的解释中也提到了如何在awk中定义shell变量。

注意:如果您有多个.bam，请在上面的代码中将sub更改为gsub。另外，如果您的Input_file是TAB，那么在上面的代码中使用awk -F'\t'。

Answer 2

请注意，您在$1上应用的参数扩展不会在awk中应用，因为awk命令的整个命令体是在'..'中传递的，该命令实际上发送内容而不应用任何shell解析。因此，字符串"${1%.bam}"以-原样传递给第一列。

您可以在Awk中完全做到这一点。

awk -F'\t' 'BEGIN { OFS = FS }{ n=split($1, arr, "."); $1 = arr[1]"_string."arr[2] }1'  file

代码基本上将$1的内容与分隔符.分割为Awk上下文中的数组arr。因此，到第一个.为止的字符串部分存储在arr[1]中，随后的拆分字段存储在下一个数组索引中。我们通过将数组条目与文件名部分中的_string连接起来，重新构造您选择的文件名，没有扩展名。

Answer 3

sed -i 's/\.bam/_string\.bam/g' myfile.txt

这是一条带有sed的单线。只需将.bam替换为_string.bam