linux在picard中合并多个文件

Question

我有十个目录，每个目录大约有10-12个bam文件。我需要使用picard包将它们合并在一起，我想找到一种方法来做得更好。

basic command:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_1.bam \
  I=input_2.bam \
  O=merged_files.bam

directory 1:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_16.bam \
  I=input_28.bam \
  I=input_81.bam \
  I=input_34.bam \
  ... \
  ... \
  I=input_10.bam \
  O=merged_files.bam

directory 2:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_44.bam \
  I=input_65.bam \
  I=input_181.bam \
  I=input_384.bam \
  ... \
  ... \
  I=input_150.bam \
  O=merged_files.bam

如果它们不是连续的，我如何使用变量添加输入，并且我想对这十个目录执行for循环，但它们包含不同数量的bam文件。

我应该使用python还是R来做这件事，还是继续使用shell脚本？敬请指教。

Answer 1

为什么不使用samtools呢？

for folder in my_bam_folders/*; do
    samtools merge $folder.bam $folder/*.bam
done

通常，samtools merge可以合并给定目录中的所有bam文件，如下所示：

samtools merge merged.bam *.bam

编辑:如果samtools不是一个选项，而你必须使用Picard，那么像这样的东西呢？

for folder in my_bam_folders/*; do
    bamlist=$(for f in $folder/*.bam; do echo -n "I=$f " ; done)
    java -jar picard.jar MergeSamFiles $bamlist O=$folder.bam
done