bash循环写入下一个文件

Question

我试图在一个循环中处理多个bam文件，使用该标准，并且存在一个问题，即每个文件覆盖另一个文件。--bam xxx \是唯一会改变的行，xxx取决于目录中的bam文件。在这个例子中有三个，但并不总是这样。谢谢:)。

目录中的文件--不会总是3

xxx_00.bam
yyy_01.bam
zzz_02.bam

标准

for bam in *.bam ; do
 ${path_to_strelka}/bin/configureStrelkaGermlineWorkflow.py \
   --bam ${bam} \
   --referenceFasta $fasta \
   --callRegions $bed \
   --exome
   --runDir $dir
 $dir/runWorkflow.py -m local -j 20
done

期望的

for bam in *.bam ; do
 ${path_to_strelka}/bin/configureStrelkaGermlineWorkflow.py \
   --bam ${bam} \   --- xxx_00.bam ---
   --bam ${bam} \   --- yyy_01.bam ---
   --bam ${bam} \   --- zzz_02.bam ---
   --referenceFasta $fasta \
   --calRegions $bed \
   --exome \
   --runDir $dir
 $dir/runWorkflow.py -m local -j 20
done

试过--打印所需的，但不执行它--

printf -- "${path_to_strelka}/bin/configureStrelkaGermlineWorkflow.py \\\\\n%s\n\t\t--referenceFasta $fasta \\\\\n\t\t--callRegions $bed \\\\\n\t\t--exome \\\\\n\t\t--runDir ${dir}\n" \
"$(for f in *.bam; do printf -- "\t\t--bam %s \\\\\n"    "${f}"; done)"
${dir}/runWorkflow.py -m local -j 20

Answer 1

在我看来你根本不需要循环。

${path_to_strelka}/bin/configureStrelkaGermlineWorkflow.py \
    $( printf " --bam %s " *bam ) \
   --referenceFasta $fasta \
   --calRegions $bed \
   --exome \
   --runDir $dir \
$dir/runWorkflow.py -m local -j 20