bash函数将不接受解析的最后两个参数。

Question

我试图通过一个函数传递数据文件的每一行。除了文件中的数据外，还将许多其他参数解析到函数中。对于每一行，总共解析了11个参数。由于某些原因，函数忽略了最后两个参数。

我的代码如下所示，以及输入数据的示例和运行代码的结果。有什么建议吗？

“守则”：

function exon_parse {
    data=$1
    CHROM=$(awk ' {print $1}' <<< $data )
    CHROM_LENGTH=$(awk ' {print $2}' <<< $data )
    EXON_LENGTH=$(awk ' {print $3}' <<< $data )
    STRAND=$(awk ' {print $4}' <<< $data )
    START=$(awk ' {print $5}' <<< $data )
    STOP=$(awk ' {print $6}' <<< $data )
    POLY_SITES=$(awk ' {print $7}' <<< $data )
    Av_Cov_Min=$2
    Min_SNPs=$3
    REF=$4
    BAM1=$5
    BAM2=$6
    BAM3=$7
    BAM4=$8
    BAM4=$8
    BAM6=$10
    OUTPUT_FILE=$11
    echo $1
    echo $2
    echo $3
    echo $4
    echo $5
    echo $6
    echo $7
    echo $8
    echo $9
    echo $10
    echo $11
    exit 0
}
INPUT_FILE="/filepath/confused_reads.txt_"
OUTPUT_FILE="/filepath/filtered_recovered_reads.txt"
Av_Cov_Min=40
Min_SNPs=10
REF="/filepath/Renamed_pmin.scaf.fa"
BAM1="/filepath/SRR573675.realigned.bam"
BAM2="/filepath/SRR573705.realigned.bam"
BAM3="/filepathSRR573706.realigned.bam"
BAM4="/filepath/SRR573707.realigned.bam"
BAM5="/filepath/SRR573708.realigned.bam"
BAM6="/filepath/SRR573709.realigned.bam"
count=1
while read line; do
    if [[ $count == 1 ]]; then
        count=$(( count + 1 ))
    else
        data=$line
        exon_parse  "$data" $Av_Cov_Min $Min_SNPs $REF $BAM1 $BAM2 $BAM3 $BAM4 $BAM5 $BAM6 $OUTPUT_FILE 
    fi

done < ${INPUT_FILE}

我没有打印出所有参数，而是得到以下内容：

$> ./exonTables_recoverLostReads.bsh
Scaffold10026 154793 6043 . 1 6043 93
40
10
/filepath/Renamed_pmin.scaf.fa
/filepath/SRR573675.realigned.bam
/filepath/SRR573705.realigned.bam
/filepath/SRR573706.realigned.bam
/filepath/SRR573707.realigned.bam
/filepath/SRR573708.realigned.bam
Scaffold10026 154793 6043 . 1 6043 930
Scaffold10026 154793 6043 . 1 6043 931

最后两个参数怎么了？

输入文件的前几行也是这样(我构建的代码不解析头行)：

scaffold    scaff_length    exon_length strand  start   stop    total_polymorphic_sites
Scaffold10026   154793  6043    .   1   6043    93
Scaffold10026   154793  6043    .   1   6043    93
Scaffold10026   154793  6043    .   1   6043    93
Scaffold10575   154793  5235    .   22299   27533   103
Scaffold10575   154793  5235    .   22299   27533   103

Answer 1

尝试使用${10}和${11}。

为了避免歧义，Bash变量可以随意地被{}包围，这是有必要的情况之一。

然而，还有另一种惯用的(和IMO清洁剂)方法来处理这个问题。将参数变量重新分配到命名变量，如下所示：

function exon_parse {
    data=$1;shift
    Av_Cov_Min=$1;shift
    Min_SNPs=$1;shift
    ....

shift内置导致$1的内容被删除，$2的内容被“向下移动”到$1中；$3和所有其他参数也被向下移动。

这允许您访问所有参数，而不引用任何高于$1的位置变量，从而完全避免了这个问题。当然，这不是必要的，但是我发现忘记和意外地输入$11而不是${11}太容易了。每次换班，我都不需要担心。