我的循环输出到一个连接的文件，而不是几个单独的文件

Question

我有一组tsv文件，每个文件有7列，但我只对第1列和第7列感兴趣。每个文件的格式都是: SampleName.bam.S.txt。

Example: 7805.bam.S.txt 7806.bam.S.txt 7808.bam.S.txt etc...

我试过两种方法：

1) find . -type f -name '*.S.txt' -exec cut -f 1,7 {} > {}.F \; and
2) for f in '*.S.txt';do cut -f 1,7 "$f" > "$f".F;done

我想要的是我的目录现在是

7805.bam.S.txt 7805.bam.S.txt.F 7806.bam.S.txt 7806.bam.S.txt.F 7808.bam.S.txt 7808.bam.S.txt.F etc...

但我得到的却是

1) 7805.bam.S.txt 7806.bam.S.txt 7808.bam.S.txt etc... {}.F
2) 7805.bam.S.txt 7806.bam.S.txt 7808.bam.S.txt etc... $f.F

其中生成的文件中写入了所有输出，但是如何让每次迭代生成唯一的文件名？谢谢。

Answer 1

如果我没理解错的话，我会这么做的。同意前面关于awk处理tsv/csv的答案--这绝对是正确的工具。我只是发现用于迭代的bash语法和变量比awk语法更容易记住。

find . -type f -name "*.S.txt" | while read FILE;do awk -F"\t" '{print $1"\t"$7}' $FILE > $FILE.F;done

Answer 2

根据您的示例，awk可能是更好的候选者。

find . -maxdepth 1 -name "*.S.txt" -exec awk -F "\t" '{ printf "%s\t%s\n",$1,$7 }' '{}' > '{}'.F \;

找到所有以.S.txt结尾的文件，然后使用找到的文件执行一条awk语句，该语句将tab设置为字段分隔符，然后仅打印由制表符分隔的第一个和第七个字段。我们将输出重定向到另一个同名的文件，但末尾带有".F“。

或者，您可以直接打印到awk本身中的文件。然后，您可以使用find (+)中的文件组，并提高效率：

find . -maxdepth 1 -name "*.S.txt" -exec awk -F "\t" '{ printf "%s\t%s\n",$1,$7 >> FILENAME".F" }' '{}' +