为来自两个不同文件的字典分配值

Question

我有一个这样的bam.txt文件：

exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bam
exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bam
exomesinglesample_out/bam/pfg014G.GRCh38DH.target.bam

另一个文件bai.txt

exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bai
exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bai
exomesinglesample_out/bam/pfg014G.GRCh38DH.target.bai

我想创建一个字典列表，其中键总是这样的：

keys = ['bam','bam_index']
d = dict.fromkeys(keys)
l = [d for x in range(3)]
print(l)

[{'bam': None, 'bam_index': None}, {'bam': None, 'bam_index': None}, {'bam': None, 'bam_index': None}]

与具有None的值不同，字典应该如下所示：

[{'bam': 'exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bam', 'bam_index': 'exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bai'}, {'bam': 'exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bam', 'bam_index': 'exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bai'}, {'bam': 'exomesinglesample_out/bam/pfg014G.GRCh38DH.target.bam', 'bam_index': 'exomesinglesample_out/bam/pfg014G.GRCh38DH.target.bai'}]

换句话说，字典列表中第一个字典的第一个值必须具有bam.txt的第一行，列表中第一个字典的第二个值必须一直到两个文件中的最后一行的bai.txt的第一行为止。

我知道dict值不能被索引，因为字典是python中无序的数据类型，所以可能需要用tuples generators或list来解决这个问题。

Answer 1

您可以使用zip()逐行遍历两个文件，并编写字典，如下所示：

keys = ['bam','bam_index']
l = []
with open('bam.txt', 'r') as f1, open('bai.txt', 'r') as f2:
    for lf1, lf2 in zip(f1, f2):
        d = {keys[0] : lf1.strip(), keys[1] : lf2.strip()}
        l.append(d)
print(l)

输出：

[{'bam': 'exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bam', 'bam_index': 'exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bai'}, {'bam': 'exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bam', 'bam_index': 'exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bai'}, {'bam': 'exomesinglesample_out/bam/pfg014G.GRCh38DH.target.bam', 'bam_index': 'exomesinglesample_out/bam/pfg014G.GRCh38DH.target.bai'}]