在R中移除给定模式之前的字符

Question

我有一个名为my.files的对象，它包含要处理的文件的完整路径。我需要删除(包括) "BAM/“之前的字符，并且只保留"BAM/"之后的字符并获得result。我想在循环中使用它作为输出的列名，这样一个班轮就更合适了。

my.files<-c("/media/BAM/14066.bam","/data/BAM/14091.bam","/code/BAM/sort.bam","/media/BAM/ReCal.sort.bam")  

结果

"14066.bam"  "14091.bam"  "sort.bam"  "ReCal.sort.bam"

Answer 1

> gsub("(.+)BAM/", "", my.files)
[1] "14066.bam"      "14091.bam"      "sort.bam"       "ReCal.sort.bam"

Answer 2

我会锚定匹配到您的文件路径的末尾，作为一般的解决方案。

sub(".*/(.+)$", "\\1", my.files)

Answer 3

我想您想要提取文件路径的基本名称。它可以使用已经可用的basename函数来完成。

basename(my.files)
#[1] "14066.bam"      "14091.bam"      "sort.bam"       "ReCal.sort.bam"

或者另一种选择是使用regex查找器从str_extract中提取stringr。在这里，我们匹配的字符不是/ ([^/]+)，它在/ ((?<=/))后面，直到字符串($)的末尾。

library(stringr)
str_extract(my.files, '(?<=/)[^/]+$')
#[1] "14066.bam"      "14091.bam"      "sort.bam"       "ReCal.sort.bam"