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我正致力于建立一个基于成对的系统发育树-- genes.Below的数据是我的数据子集(test.txt).The树不需要根据任何DNA序列构建，而只是将它当作单词来处理。
浏览 5修改于2014-02-17得票数 0
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我有一个系统发育树，它显示基因和它们是如何聚在一起的。它是用欧氏距离矩阵和ape软件包绘制的。有关更多细节，以下是前面的链接。
15 AR ADORA117 AR ADRA1B19 AR ADRA2A生成树的最终代码是
浏览 8修改于2017-05-23得票数 2
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我开发了新的比较算法(系统发育树是简单的有根二叉树)。作为输入，我们有两棵树，我们想要计算它们的相似性百分比。这些类型的算法的一个示例是。
浏览 2修改于2016-05-20得票数 5
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如果对n个核酸序列构造了一个词频表( ATG对应于长度为2，AT和TG的两个单词)，则该表可用于(直接或经过PCA降维后)计算这些序列的距离矩阵，然后将其聚为一个系统发育树(doi:10.1007/sdist(Counts.norm, method = "euclidian")plot(hc)这是令人惊讶的好，输出看起来类似于一棵树获
浏览 2修改于2021-01-14得票数 1
我有一组系统发育树，其中一些具有不同的拓扑结构和不同的分支长度。use.tip.label = F, use.edge.length = F)
[1] 8[1] 2 我的问题是如何获得树的列表，每个树代表输入列表中的一个唯一拓扑，并且分支长度是具有相同拓扑的所有树的汇总统计信息，例如平均值或中值。在上面的示例中，它将按原样返回第一棵树，因为它的拓扑是唯一的，而另一棵树是其他
浏览 36提问于2021-09-02得票数 0
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我有一个newick格式的系统发育树。我想根据终端节点的标签拉出一个子树(因此基于物种列表)。我正在使用的树的副本可以在这里找到：from Bio import Phylotree
浏览 25提问于2016-08-19得票数 1
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我想通过RShiny上传一个系统进化树，并使用brushPoints函数允许用户选择系统发育树的提示。最终，选择的提示将被用作通过注释更新树的信息。shinyApp(ui = ui, server = server)在选择个体时，错误是:rep中的错误:无效的‘时间’参数
如果需要，系统发育树位于
浏览 1提问于2020-01-23得票数 0
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我有一个与它们相关的基因和疾病表，我想构建一个系统发育树，并将它们的diseases.Below基因分组为一个样本数据集，其中gene1列属于disease1，gene2属于疾病。myocardial infarct heart failure为了我的目的，我想要一个循环的系统发育树
浏览 25修改于2014-02-11得票数 2
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好吧，所以，我有一个系统发育树，我不得不修剪。我使用drop.tip命令删除提示，并通过创建新名称的数据帧并将其导入树的提示标签来更改提示标签。问题是当我试图使用命令write.beast导出它时，但是我得到了以下错误消息：我需要得到一个新的文件，其中包含新的树，
浏览 8提问于2022-10-26得票数 1
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我正在寻找一种在R中将系统发生树(Newick格式或类"phylo")转换为数据帧的方法。我们的目标是获得一个很好的概述，哪些提示从树的每个节点下降。有没有人有这个问题的经验？我可以从一个系统树中获得所有的tip标签，或者从一个节点中获得所有的后代节点，但我无法获得属于某个节点的tip标签。
浏览 2修改于2019-07-16得票数 2
我正在绘制一棵系统发育树，我想在灭绝物种的顶端加上一个类似于“死符号̈́̈́”(如头骨)的东西。
我还想在分支时间(例如，$\Delta、t_i$或数字)中添加一个x轴条，其中包含标记有点的乳胶符号。到目前为止我所拥有的就是这棵树。在这种情况下，我想在绿色虚线之后添加死符号。
浏览 5提问于2016-10-15得票数 0
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我正在尝试将系统发育树排列到一张图表上，显示一组相关生物体的生理数据。类似于下面的图片。这是在powerpoint中从两个单独的图表中放在一起的。我可以使用ggplot2生成我想要的图形，并使用ape导入树。我在想，应该有一种方法将树保存为图形对象，然后使用gridExtra中的gridarrange函数将其与图形一起排列。问题是ape不让我将树保存为图形对象，例如，只是绘制了<
浏览 8修改于2016-06-11得票数 4
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使用R中的系统发育树，我想要创建一个矩阵，它指示每个树的分支(B1到B8)是否与每个物种(A到E)相关联，其中1s表示分支是相关联的。示例树ex.tree <- read.tree(text="(A:4,((B:1,C:1):2,(D:2,E:2):1):1);") edgelabels
浏览 1修改于2015-11-09得票数 2
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我已经为一个蛋白质家族建立了一个系统发育树，它可以被分成不同的组，根据其受体类型或响应类型来分类。树中的节点被标记为受体的类型。在系统发育树中，我可以看到，属于同一组或同一类型受体的蛋白质聚集在同一分支中。因此，我想折叠这些具有共同标签的分支，将它们按给定的关键字列表分组。.list_of_labels_to_collapse.txt -o collapsed_tree.eps(或pdf)
浏览 5修改于2016-06-01得票数 6
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我正在使用Bioconductor的ggtree包绘制两个系统发育树。它的工作原理基本上类似于ggplot2，我想修改tip标签的外观，以匹配外部CSV文件设置的类。mat) ### Package apemultitree <- c(nj.tree, hclust.tree)
我想绘制这些树，
浏览 2修改于2016-05-04得票数 1
还有其他包，特别是ape for R，它们构建了一个非根树，然后允许您通过将其根化。from Bio import Phylo在树建立之后，我在这里合成了序列，但是这是一个基于这个过程的根树。
浏览 4提问于2015-05-14得票数 1
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我在R中有一个系统树，目前的变量是taxa_names。我想从data.frame中分配taxa_names (树是基于所说的data.frame)。如何在R中手动设置树的taxa_names？
浏览 24修改于2020-08-05得票数 0
我已经建立了我的基因簇，并且已经计算了测量它们之间的系统发育关系所需的距离。BGC34','BGC45','BGC53','BGC51'), 目标：是否有可能仅仅基于这种类型的数据构建一棵树？但是，我已经能够通过Cytoscape从这些数据创建网络可视化，但不可能是一棵树。对于这个特别的例子，还有什么进一步的建议吗？
再次感谢您的投入:)
浏览 2提问于2020-02-12得票数 0
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我有一个newick格式的系统发育树，我想删除分类群名称的一些片段，
1_[genus_specie_1]_characters:0.2654682758,(((((((((((((((2_[genus_specie
浏览 0提问于2018-10-11得票数 1
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