将系统发育树与x，y图相结合

Question

我正在尝试将系统发育树排列到一张图表上，显示一组相关生物体的生理数据。类似于下面的图片。这是在powerpoint中从两个单独的图表中放在一起的。我猜它完成了工作，但我希望创建一个单一的图像，我认为这将更容易格式化为文档。我可以使用ggplot2生成我想要的图形，并使用ape导入树。我在想，应该有一种方法将树保存为图形对象，然后使用gridExtra中的gridarrange函数将其与图形一起排列。问题是ape不让我将树保存为图形对象，例如，

p2<-plot(tree, dir = "u", show.tip.label = FALSE)

只是绘制了树，当你调用p2时，它只给出了一个参数列表。我想知道是否有人有什么建议。

谢谢!

​

​

Answer 1

我不确定这是否适用于CRAN的gtable。

require(ggplot2)
require(gridBase)
require(gtable)

p <- qplot(1,1)
g <- ggplotGrob(p)

g <- gtable_add_rows(g, unit(2,"in"), nrow(g))
g <- gtable_add_grob(g, rectGrob(),
                     t = 7, l=4, b=7, r=4)

grid.newpage()
grid.draw(g)

#grid.force()
#grid.ls(grobs=F, viewports=T)
seekViewport("layout.7-4-7-4")
par(plt=gridPLT(), new=TRUE)
plot(rtree(10), "c", FALSE, direction = "u")
upViewport()

​

​

Answer 2

首先，我要感谢baptiste为我解决了我与ggplot2之间的大部分问题提供了多种答案。

其次，我有一个类似的问题，那就是在用ggplot2获得的热图中包含一棵来自猿类的树。Baptiste让我欣喜若狂，尽管我的简化版本可能会有所帮助。我只使用了对我有用的东西(去掉了添加的gg_rows)。

library(ape)
tr <- read.tree("mytree.tree")
# heat is the heatmap ggplot, using geom_tile
g <- ggplotGrob(heat)
grid.newpage()
grid.draw(g)
# use oma to reduce the tree so it fits 
par(new = TRUE, oma = c(5, 4, 5, 38))
plot(tr)
nodelabels(tr$node.label, cex = 1, frame = "none", col = "black", adj = c(-0.3, 0.5))
add.scale.bar()
# use dev.copy2pdf and not ggsave
dev.copy2pdf(file = "heatmap_prob.pdf")

结果就在这里

​