brushPoints RShiny - dsplay从系统发育树中选择的提示

Question

我想通过RShiny上传一个系统进化树，并使用brushPoints函数允许用户选择系统发育树的提示。最终，选择的提示将被用作通过注释更新树的信息。我的想法是显示选择的提示，以确认选择，但我无法生成verbatiumTextOutput。建议

以下是我的尝试：

library(shiny)
library(ggplot2)
library(treeio)
library(ggtree)
library(tidytree) 

tree <- treeio::read.newick("1509MLJF6-1.dnd")

# Define UI for application that draws a histogram
ui <- fluidPage(

  # Application title
  titlePanel("Select Individuals and Display Data"),

  # Show a plot and output table 
  mainPanel(
    plotOutput("treeDisplay", brush = "plot_brush"),
    verbatimTextOutput("selectedIndivs")

  )
)

# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output) {
  output$treeDisplay <- renderPlot({
    ggplot(tree) + geom_tree() + geom_tiplab()
  })

  output$selectedIndivs <- renderPrint({
    brushedPoints(tree, input$plot_brush)
  })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

运行应用程序时，错误为:警告：[：不正确的维度数中的错误“

在选择个体时，错误是:rep中的错误:无效的‘时间’参数

如果需要，系统发育树位于这里。

Answer 1

ape方法

要让用户浏览这些提示，您需要知道地块上内部节点和终端节点的x和y坐标。您可以使用ape包获得这些信息。然后，一旦得到了刷过的区域的坐标，就可以将phylo坐标表子集为只刷过的部分。在下面的示例中，我们必须显式地告诉brushedPoints在哪里查找x和y坐标(数据帧中的xvar和yvar列)。根据树上物种的数量，您可能需要扩展绘图区域以避免重叠，这样就可以轻松地将物种刷过。

代码：

library(shiny)
library(ape)

Tree <- rtree(n=20)
Tree <- ladderize(Tree)

ui <- basicPage(
  plotOutput("plot1", brush = "plot_brush"),
  tableOutput("brushed_subtree")
)

server <- function(input, output) {

  output$plot1 <- renderPlot({
    plot(Tree)
  })

  getTreeInfo <- reactive({
    plot(Tree)
    plotinfo <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
    tips_xy <- data.frame(Tip=Tree$tip.label, 
                          xvar=plotinfo$xx[1:Ntip(Tree)], 
                          yvar=plotinfo$yy[1:Ntip(Tree)])
    return(tips_xy)
  })

  # render selected tips table 
  output$brushed_subtree <- renderTable({
    brushedPoints(getTreeInfo(), input$plot_brush, xvar = "xvar", yvar = "yvar")
  })

}

shinyApp(ui, server)

全球综合框架：

​

ggtree方法

ggtree方法更容易实现。实际上，您已经接近了，除了将树传递给brushedPoints之外，您还需要提供ggtree绘图的$data组件。请注意，在这种情况下，刷过的区域必须包括想要的尖端的终端分支，因为图的坐标是由边缘数据帧给出的，并且提示是相对于先前绘制的(终端)边缘绘制的单独的geom。

代码

library(shiny)
library(ggplot2)
library(treeio)
library(ggtree)
library(tidytree) 

tree <- treeio::read.newick("1509MLJF6-1.dnd")
treedt <- as.treedata(tree)

# Define UI for application that draws a histogram
ui <- fluidPage(

  # Application title
  titlePanel("Select Individuals and Display Data"),

  # Show a plot and output table 
  mainPanel(
    plotOutput("treeDisplay", brush = "plot_brush"),
    verbatimTextOutput("selectedIndivs")

  )
)

# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output) {

  make_tree <- reactive({
     ggplot(tree) + geom_tree() + geom_tiplab()
  })

  output$treeDisplay <- renderPlot({
    make_tree()
  })

  output$selectedIndivs <- renderPrint({
    brushedPoints(make_tree()$data, input$plot_brush)
  })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

全球综合框架：

​

​