如何导出我在R中编辑的系统发育树？

Question

好吧，所以，我有一个系统发育树，我不得不修剪。我使用drop.tip命令删除提示，并通过创建新名称的数据帧并将其导入树的提示标签来更改提示标签。问题是当我试图使用命令write.beast导出它时，但是我得到了以下错误消息：

错误(函数(cl，name，valueClass)：‘phylo’不是类“phylo”中的一个插槽

我需要得到一个新的文件，其中包含新的树，有较少的分支和新的标签，但我不确定有什么问题。

Answer 1

你的树是什么班的？

class(tree)

如果类是phylo，则write.tree(tree)是正确的函数。在这种情况下，提示标签应该是一个向量。如果类是treedata，那么write.beast应该可以工作。

请记住，如果你修剪掉分类群，支持值可能会改变(可能会更高)，并且应该重新计算！