人工添加类群到R的系统发育树

Question

我在R中有一个系统树，目前的变量是taxa_names。我想从data.frame中分配taxa_names (树是基于所说的data.frame)。

 matrix <- data.frame(row.names = c('aa','bb','cc'),aa=c(0,1,1),bb=c(1,1,0),cc=c(0,1,1))
> matrix
   aa bb cc
aa  0  1  0
bb  1  1  1
cc  1  0  1

d.matrix <- dist(matrix)
h.matrix <- hclust(d.matrix) %>% ape::as.phylo(.)

分类群名称为aa,bb,cc。但我想将taxa_names设置为t和a。这些信件来自data.frame dd。

dd <- data.frame(row.names = c('aa','bb','cc'),values = c('t','a','a'))
> dd
   values
aa      t
bb      a
cc      a

dd实际上有更多的列，但我在这里将其缩短。

如何在R中手动设置树的taxa_names？在data.frame中指定所需的taxa_names

编辑:我尝试了taxa_names <- c()和AssignTaxonomy() (来自dada2包)，但没有成功

Answer 1

首先，我发现将数据作为character而不是factor (data.frames的默认格式)读取是一种很好的做法。这可以通过使用stringsAsFactors参数来完成：

dd <- data.frame(row.names = c('aa','bb','cc'),values = c('t','a','a'), stringsAsFactors = FALSE)

然后，您可以直接将名称分配给phylo对象的特定条目(您可以根据需要重新排序)：

h.matrix$tip.label = dd$values

要了解有关phylo类的更多信息，请查看https://www.rdocumentation.org/packages/ape/versions/2.6-3/topics/read.tree