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我对Linux完全陌生，因为我需要的一些生物信息学研究程序要么只在linux上工作，要么很容易在linux上操作。
目前正在尝试安装一个名为Mothur的程序。
浏览 0修改于2016-12-21得票数 0
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我花了很多时间从事生物信息学项目，并制作了大量的脚本，现在我想用它们构建一个运行在命令行终端中的生物信息学软件，并附带昂贵的手册和二进制文件。共享资源(视频、手册、软件等)的任何帮助或者说给小费是值得赞赏的。我知道这是一个非常开放的问题，所以开放的答案也是受欢迎的。
浏览 6提问于2022-08-09得票数 2
我正在尝试使用conda来安装一些生物信息学软件，比如cufflink：但是我得到了这个错误：
Error: Invalid index
浏览 17提问于2018-08-29得票数 1
我们希望采用现有的基于Linux的AMI，在其上安装我们的软件，并使修改后的AMI公开可用。这样做的许可含义是什么？我们的软件是一个开源的生物信息学工具，但不使用GPL兼容的许可证。我担心的是，修改后的AMI将是一个派生的作品，我认为这将使我们有义务在GPL兼容的许可证下许可我们的软件。
浏览 0提问于2011-08-04得票数 1
直到几天前，我才开始为生物信息学项目使用bash for -循环，直到几天前，它才突然停止工作。我在OSX V12.1上。我使用的生物信息学软件是Anvi'o，但我不认为这是问题所在。
浏览 0修改于2022-08-16得票数 0
input.element_identifier' + ".phy" | cut -d _ -f 1我的问题是猎豹不能识别回波命令中的“$”.我尝试过很多其他语法，但问题仍然存在(所以我不知道命令的其余部分是否正确)
这是一个相当具体的问题(与银河软件的管理和使用有关)，我希望我能说清楚
浏览 2提问于2017-10-25得票数 0
我想把我为Windows编写的一些GUI程序带到Ubuntu软件中心。我正在使用几个外部命令行工具，我用不，我想知道在Linux (Ubuntu)下如何做到这一点。我需要的工具都是生物信息学，，，。
任何帮助都是非常感谢的！
浏览 3修改于2012-07-27得票数 0
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我试图在一组文件上运行一些生物信息学软件，但当我使用slurm提交它时，该工具意外失败，显然是由于输入文件列表的错误传递。如果我在命令行中运行它，它似乎可以工作。在.sbatch文件中，我将变量传递给生物信息学工具，如下所示： #!--partition=server-guest
bioinfotool.py -arg1 `more group1.txt` -arg2 `more group2.txt` 我之所以这样做，是因为生物信息学工具显然无法直接解析文本文件::: group1.txt ::::::::::::::
浏览 18修改于2019-01-03得票数 2
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我在生物信息学领域工作。我的日常工作处理几个数据文件(DNA序列、比对等)。并生成许多结果文件，所以我想使用像Unix make这样的东西来自动化整个过程，特别是解决不同数据之间的依赖关系。但是，Unix生成器仅支持每个目标一个输出，因为它是为软件构建设计的，软件构建通常从多个源文件生成一个目标文件，或从多个目标文件生成一个可执行文件。
浏览 2提问于2012-11-16得票数 1
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我正在开发一个名为“天鹅绒”的程序(我们称之为生物信息学的汇编程序)。这个软件没有一个静默或安静的模式选项，我有一个脚本运行它多次，导致它使我的终端充满了在那一刻对我来说并不真正有意义的文本(每次迭代大约打印100行文本)。dev/null：然而，这会导致shell抱怨分割错误，并且软件实际上根本没有运行我觉得这是一个语法问题，因为试图像我一样将这些东西发送到&#
浏览 0修改于2018-10-29得票数 1
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例如，我的发行版没有打包的生物信息学程序需要一些特定版本的R。碰巧，该程序是通过一个名为“生物导体”的项目提供的，该项目的目标是为生物信息学提供R包，确保软件包彼此兼容(参见https://www.bioconductor.org/install/#why-biocLite这种方法运行了一段时间，直到我发现为了保持连贯、健康和易于重建的生物信息学生态系统，一些人决定使用conda软件包管理系统。它被认为是超级容易，但我试图制造一个conda软件包失
浏览 0修改于2017-09-14得票数 14
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然后，我使用：gunzip newfile.fasta.gz解压缩新文件，以便在一些生物信息学软件中使用它。枪拉链花了很长时间，我离开电脑后再回来。
浏览 1修改于2015-08-16得票数 0
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我是Ubuntu的新用户，我一生都在使用windows，但是最近我需要安装Ubuntu，所以我可以使用一些只适用于Linux操作系统的生物信息学软件。我试过使用VirtualBox，但速度慢得令人痛苦，不允许我运行我需要的用于DNA序列分析的所有软件。
在windows中安装Ubuntu是最好的方法吗?
浏览 0修改于2018-11-16得票数 3
我正在使用一些需要python2环境的生物信息学软件。我使用conda创建一个新环境，并将python版本指定为2.7.18，但是当我输入' python‘时，我发现python版本是3.9.5。
浏览 17提问于2021-09-22得票数 0
无论如何，我想在Pythonanywhere上安装几个生物信息学软件包。Biopython为这些工具提供了包装器，但是您仍然需要安装实际的工具。这些工具没有pip或easyinstall兼容性。
浏览 1修改于2015-08-19得票数 0
能否告诉我在生物信息学领域最著名的方法是什么，以及与Python中的方法相对应的软件包是什么？我是一名工程师，不知道在这个领域中最精确的方法，我应该把我的方法和他们进行比较。
浏览 0提问于2018-02-07得票数 1
哪种函数式编程语言有很容易获得的生物信息学库？Update：列出哪些主要的函数式编程语言目前不容易访问生物信息学库也是受欢迎的。
浏览 4修改于2009-12-05得票数 14
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我们正在购买一台服务器来运行各种生物信息学软件包。我们的测试机器上的主要程序包是多线程的，完全是CPU绑定的，IO和RAM没有限制性能-- CPU运行在100%，而RAM和磁盘IO在最低水平。那么，是否有一种方法来分析我们的软件包，找出选择哪一个处理器。所讨论的软件是Python脚本的集合，因此我们可以在Linux或Windows上进行分析。
浏览 0提问于2012-01-31得票数 1
然而，Champ软件包和其他用于450K DMR分析的软件包中的探头套索函数总是假设需要找到DMR的2组。我没有两组，而是这个连续变量。我是一个医学博士，不是一个生物信息学家，因此梳子等对我来说是不可能的。向您致以亲切的问候，Line
浏览 2提问于2015-09-25得票数 0
我目前还没有实现这一点，在重写我的MapReduce软件之前，应该先解决这个问题，该软件可以通过将context.write()放在我想要的算法中的任何位置来轻松地处理这个问题。(生物信息学用例)
浏览 3提问于2015-07-04得票数 2
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