无法使用conda安装软件或更新自身？

Question

我正在尝试使用conda来安装一些生物信息学软件，比如cufflink：

conda install -c bioconda cufflinks

但是我得到了这个错误：

Error: Invalid index file: r/linux-64/repodata.json.bz2

对于任何使用conda的命令都是相同的错误，有人知道如何修复它吗？看起来我必须卸载所有东西，然后从cero开始。

Answer 1

Bioconda需要conda包管理器。

如果我们安装了Anaconda，那么默认情况下它已经在其中可用了。

对于Bioconda，推荐使用Python 3版本。

我们需要添加bioconda通道以及bioconda依赖的其他通道。

作为

conda config --添加通道默认值

conda config --添加通道conda-forge

conda config --添加通道bioconda

现在尝试安装

       conda install -c bioconda cufflinks

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安装将成功完成。

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参考：https://bioconda.github.io/