在Python和Ubuntu中调用命令行工具

Question

我想把我为Windows编写的一些GUI程序带到Ubuntu软件中心。我正在使用几个外部命令行工具，我用

os.system(cmd)

不，我想知道在Linux (Ubuntu)下如何做到这一点。我必须使用哪个相应的文件？在Windows中，该工具只能在我的程序的文件夹中访问，但没有安装，它是否会以同样的方式在Linux上工作？

我需要的工具都是生物信息学，primer3，blast，bowtie。

任何帮助都是非常感谢的！

Answer 1

在Linux上，您通常将应用程序打包，以便可以使用系统包管理器进行安装(例如，用于基于Debian的发行版的.deb文件，包括用于RedHat的Ubuntu和.rpm )。你想这么做的一个原因是依赖管理--你可以在你的包中告诉包管理器它依赖于哪些其他包，这样它们就可以在它们不依赖的时候被安装。在这种情况下，命令行工具可以在系统范围内安装，并且可以从应用程序中调用它们。

如果这是不可能的，您甚至可以包含所需工具的源代码，并为用户提供如何编译它们的说明(如有必要，请在您的应用程序目录中)。对于大多数现代发行版，这是一个相当轻松的过程，但并不完全是最佳实践。

另一个注意事项：os.system正在阻塞，它会产生一个新进程并等待它退出。您不能轻松地获得stdout或stderr输出，也不能与其交互。您应该研究一下subprocess模块(它是Python标准库的一部分)或envoy (第三方模块)，它为子流程模块提供了一个简化的、(可以说是)更强大的接口。

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