Python中的生物信息学序列聚类

Question

我正在尝试寻找一种新的方法来对序列数据进行聚类。我实现了我的方法，并得到了一个准确率。现在，我应该将它与可用的方法进行比较，看看它是否如我所期望的那样工作。

能否告诉我在生物信息学领域最著名的方法是什么，以及与Python中的方法相对应的软件包是什么？我是一名工程师，不知道在这个领域中最精确的方法，我应该把我的方法和他们进行比较。

Answer 1

常用的两种方法是：

• CH，http://weizhongli-lab.org/cd-hit/
• Uclust (USEARCH，32位版本免费) https://drive5.com/usearch/

这两种工具都是用C++编写的命令行工具(我认为)

Answer 2

它还取决于您需要哪个工具的问题(数据约简、otu聚类、创建树等)。现在，您可以看到集群工具发生了变化，它使用了更动态的方法，而不是固定的相似性截止点。示例：

• DADA2
• 联伊办
• 塞克迪普

固定聚类：

• 光盘命中
• 褐飞虱
• 搜索