循环迭代文件扩展名多次导致文件/路径错误:没有这样的文件

Question

直到几天前，我才开始为生物信息学项目使用bash for -循环，直到几天前，它才突然停止工作。我在OSX V12.1上。

命令：

for FILE in `ls *.fasta` 
do
F=$(basename "$FILE".fasta) COMMAND -f "$F".input -o "$F".output 
done

这是一个非常简单的for-循环，但是从三天前开始，它开始迭代文件扩展名并给出这个错误：

文件/路径错误:没有这样的文件：“FILE.fasta.fasta”

我不知道是怎么回事。我试过取消F和FILE的设置，但这没有效果。我做了一个老的“把所有的东西都关回去”，这也不起作用。我已经尽力在互联网上寻找一个解决方案，但我可能错过了正确的术语，因为我出现了空白。

我使用的生物信息学软件是Anvi'o，但我不认为这是问题所在。

Answer 1

我不知道你为什么要做F=$(basename "$FILE".fasta)；这似乎不需要(？)此外，文件名已经是完整的文件名，所以"$FILE".fasta应该是$FILE。这就是为什么你要得到“没有这样的文件：'FILE.fasta.fasta'”错误。它一直都是这样工作的，所以我不知道它以前是如何工作的。

类似地，"$F".input将留给您filename.fasta.input，这可能不是您想要的。您可以使用$varname:r或${varname:r}从文件名中删除扩展名("r“，如”删除扩展名“中的”r“)。注意，这只适用于zsh，而不是bash，在bash中，您必须使用更尴尬的${varname%.*}。

您也不需要使用ls来迭代文件；它是用于人工显示的，而不是programs.You可以循环使用任何glob模式的文件，这要容易得多，而且不容易出错：

for FILE in *.fasta

如果把这些加在一起，你就会得到这样的结果：

for FILE in ./*.fasta; do
    COMMAND -f ${FILE:r}.input -o ${FILE:r}.output 
done