在猎豹变量中分配bash命令结果

Question

我目前正在尝试将bash命令的结果放入Cheetah变量中：

#set $name = #echo '$input.element_identifier' + ".phy" | cut -d _ -f 1

“$input.element_identifier”是(某种程度上)到以前输入文件名称的链接(我试图在Galaxy (一种生物信息学软件)一节中这样做)

我的问题是猎豹不能识别回波命令中的“$”.我尝试过很多其他语法，但问题仍然存在(所以我不知道命令的其余部分是否正确)

这是一个相当具体的问题(与银河软件的管理和使用有关)，我希望我能说清楚。

谢谢

Answer 1

目前的方法有两个错误：

1. #echo不执行OS命令，#echo执行Python表达式。
2. #echo不返回结果，#echo将结果放入输出流(#echo或任何输出)。

要执行OS命令，您需要os.system()或subprocess.Popen()。要分配命令的结果，您当然需要捕获命令的stdout，Popen更好地调整了任务。

就像这样：

#import subprocess
#set $name = $subprocess.check_output($input.element_identifier + '.phy | cut -d _ -f 1', shell=True)