验证炮口解压

Question

我正在处理使用：cat file1.fasta.gz file2.fasta.gz > newfile.fasta.gz连接的大型数据集。

然后，我使用：gunzip newfile.fasta.gz解压缩新文件，以便在一些生物信息学软件中使用它。枪拉链花了很长时间，我离开电脑后再回来。

我担心这个过程可能在某个时候失败了，留下了部分文件。有没有办法确定newfile.fasta包含newfile.fasta.gz的全部解压缩内容？

inb4：“不要离开你的电脑”

Answer 1

应该没问题的。如果您担心，那么您只需检查文件大小: newfile.fasta.gz应该是file1.fasta.gz + file2.fasta.gz的大小。

因为看起来您已经解压缩了新文件，所以可以双倍检查每个fasta文件中的序列条目的数量。

$ gunzip -c file1.fasta.gz | grep -c '^>'
$ gunzip -c file2.fasta.gz | grep -c '^>'
$ grep -c '^>' newfile.fasta

或者你可以用"grep -c‘^>“代替wc。