哪些函数式编程语言有生物信息学库？

Question

哪种函数式编程语言有很容易获得的生物信息学库？

(不包括多范式语言，如红宝石)

Update：列出哪些主要的函数式编程语言目前不容易访问生物信息学库也是受欢迎的。

Answer 1

你认为R是一种功能语言而不是多范式语言吗？

如果是这样的话，R拥有最大的生物信息学库。在CRAN中有许多模块，但是您需要的是BioConductor。作为一个活跃的社区，大多数图书馆都在同行评审期刊上发表.

注意:我认为，除了perl、python以及C/C++和Java中的一些小工作外，其他编程语言根本没有良好的生物信息学库。

Answer 2

我已经开始了第一个严肃的BioScala项目，其中包含了./doc中的教程和设计理念。此外，我正在解释如何在blog.thebird.nl上使用Scala进行生物信息学。BioScala是一项正在进行的工作。因为您可以同时使用Scala的BioJava和BioRuby --而且很快就可以使用BioLib --所以您可以正常运行。

Answer 3

维护最好的、通用的、特定于语言的生物信息学库由开放生物信息学基金会支持: BioPerl、Biopython、BioJava、BioRuby和BioLib (C++)。这些库非常方便，因此使用其中一种语言编写脚本通常更容易，即使您希望使用另一种语言。

正如安德鲁所指出的，您可以从基于JVM的函数语言(如Scala或Clojure )中使用BioJava。

BioLib比其他语言更新，但是它可以很好地与SWIG一起工作，所以任何其他语言都可以将它连接起来。Haskell有一个很好的FFI，所以您可以尝试将它与NCBI工具包库Biolib一起使用--它们可能比BioHaskell维护得更好。