Xenium、Atera 空间转录组在肿瘤研究中：T细胞的核心作用及其与邻近细胞的关系

例如，T细胞邻近肿瘤细胞、TAM、CAF、DC、血管内皮细胞或其他T细胞时，是否表现出不同的功能状态。

文献分享--EGFR激活的肌成纤维细胞促进胰腺癌转移

核心问题：胰腺导管腺癌（PDAC）预后极差。癌症相关成纤维细胞（CAFs）被认为是潜在治疗靶点，但对这些异质性细胞群体了解不足限制了有效治疗策略的开发。作者此前...

分析汇总--Visium HD：基于 BANKSY 的分子生态位（Molecular Niche）分析与细胞分割注释整合

细数一下目前空间转录组存在的问题

常规空间转录组实验通常使用组织切片。不同平台和样本类型的切片厚度有所差异，5–10 μm 是较常见的范围，但并不是所有平台的固定要求。

思想碰撞--Atera vs Xenium：从基础分析到深层生物学解读的全面比较

例如，Xenium 5K 可能检测到某些巨噬细胞的经典 Marker，但没有充分覆盖其状态相关的其他基因。

分析汇总--空蛋和空转niche的距离选择汇总与比较

并不是因为 Xenium 检测基因，所以必须使用更大的半径；也不是因为空间蛋白组检测蛋白，所以只能使用小半径。

六大空间转录组平台的细胞 Niche 分析：前提、技术优势与局限性

传统 Visium 的核心空间单位是直径约 55 μm 的 spot。一个 spot 通常包含多个细胞的混合表达信号，而不是一个独立细胞的表达矩阵。

文献分享--单细胞Stereo-seq揭示驱动急性肾损伤中受损近端小管再生的调控机制

核心问题：急性肾损伤（AKI）中，近端小管（PT）细胞在修复中发挥核心作用，但促进修复的特定PT群体和状态仍不清楚。

基因组 + 单细胞--KRAS^G12D靶向治疗敏感性取决于胰腺癌中干扰素信号通路的激活

核心问题：KRASG12D是胰腺癌的主要驱动因素，但内在耐药（intrinsic resistance）的基础尚不明确。

文献分享--通过整合单细胞分析揭示内皮细胞衰老的转录特征

内皮细胞（ECs）是血管功能的关键调节因子，具有组织特化作用。衰老过程中，这些细胞变得功能失调，导致心血管疾病易感性增加。尽管单细胞转录组学已揭示广泛的内皮异质...

头脑风暴--Atera 空间转录组：能否统一基于微环境的细胞亚群划分与基于基因表达的细胞亚群划分？

例如，某个单核细胞处于炎症微环境时，周围的细胞可能释放 IL-1β、TNF 等炎症介质，促使其发生转录状态变化。

文献分享（xenium）--肺神经内分泌癌通过血清素诱导免疫抑制性巨噬细胞，从而促进对 T 细胞衔接器药物塔拉他单抗（tarlatamab）的耐药

核心问题：SCLC和LCNEC中，DLL3表达与DLL3靶向TCE（tarlatamab）临床反应之间的脱节（>90% SCLC表达DLL3，但超过一半患者无反...

多组学分享--微卫星稳定型结直肠癌的多组学表征揭示独特生物学和可靶向的脆弱性

核心问题：微卫星稳定（MSS）结直肠癌（CRC）是一种分子复杂且临床具有挑战性的疾病亚型，缺乏有效的靶向治疗。

文献分享（xenium 5k）--不同的滤泡性 T 细胞亚群调控淋巴瘤的进展及临床结局

研究目的与方法： 开展了泛癌分析，在滤泡性淋巴瘤（FL）背景下对比不同癌种，刻画滤泡性T细胞亚群特征。共分析26种癌症类型的30个单细胞RNA测序数据集，在计算...

文献分享--多种感染在转录水平重编程肠上皮及上皮-免疫细胞相互作用

过去，一个人要完成单细胞测序分析，需要熟悉 R、Python、统计学、细胞生物学和多种分析软件。现在，AI 可以辅助编写 Seurat、Scanpy、Monoc...

文献分享（xenium）--人类成人和儿童从压力负荷到衰竭右心室进展的多模态转录组图谱

右心室衰竭（RVF）独立预测心力衰竭的死亡率，但其病理生理学知之甚少。本文提出了人类右心室压力负荷和衰竭的多模态图谱，包括成人（bulk RNA-seq n=1...

Xenium / CosMx 目标细胞邻域分析：关键注意事项

对于 Xenium 和 CosMx 这类单细胞分辨率空间转录组平台，如果想研究某一类目标细胞（例如肿瘤细胞、Treg、巨噬细胞或中性粒细胞）周围的微环境，最重要...

知识扩展--Firmonertinib治疗携带EGFR P-loop和αC-helix压缩（PACC）突变的晚期非小细胞肺癌

核心研究：Firmonertinib（一种新型口服、可穿透血脑屏障的突变选择性EGFR酪氨酸激酶抑制剂）在EGFR PACC突变NSCLC中的临床前活性及1b期...

基因变异（以EGFR L858R为例）在空间转录组（xenium等）上的影响和体现

主要方向：EGFR L858R 这样的基因突变，可以通过空间转录组（Xenium、Visium HD、Stereo-seq 等）研究其对肿瘤细胞状态、信号通路、...

文献分享--空间转录组学揭示致命性COVID-19肺部的原位细胞和分子标志

核心问题：严重COVID-19可诱导进行性弥漫性肺泡损伤（DAD）导致致命后果，但肺部损伤的分子背景尚未完全建立。