文献分享（xenium 5k）--单细胞与空间多组学揭示多药耐药中肿瘤-基质界面的复发性多细胞生态位

多药耐药（MDR）是癌症治疗几乎不可避免的终点，驱动肿瘤快速进展，然而其演化逻辑仍不清楚，因为MDR肿瘤很少被切除。本研究利用来自临床试验的配对初治和MDR黑色...

课后补充--RFdiffusion + ProteinMPNN从头抗体设计

如果目标是真正的 IgG / Fab / scFv 抗体，就要特别关注抗体 scaffold 和 CDR 架构，而不能简单把任意 RFdiffusion bin...

课后补充--靶蛋白抗体设计思路

课后补充--抗体和BCR/TCR的区别

③ 抗体： 是 B 细胞/浆细胞产生的可溶性免疫球蛋白，通常与 BCR 具有相同或高度相似的抗原结合特异性。

课后补充--药物设计（Drug Design）方法汇总

通常片段分子比较小，经典的“Rule of 3”常用作片段库设计的经验规则，例如 MW ≤300、logP ≤3、HBD/HBA ≤3。

课后补充--基于配体的虚拟筛选（LBVS）

Ligand-Based Virtual Screening（LBVS） 的核心思想

课后补充--基于结构的虚拟筛选（SBVS）

Structure-Based Virtual Screening（SBVS） 的核心思想是：已知靶蛋白三维结构 → 找到/定义结合口袋 → 准备大规模化合物库...

课前准备--氨基酸突变对蛋白质四级结构形成的影响

文献分享（xenium）--胰腺癌异质性与免疫逃逸中的丝氨酸蛋白酶抑制剂-髓系细胞轴

胰腺导管腺癌（PDAC）以高度免疫抑制、细胞外基质丰富的微环境为特征，但肿瘤表现出显著的异质性。这提出了一个问题：免疫抵抗是肿瘤的全局属性，还是在空间受限的生态...

文献分享（xenium）--产后心脏的空间引导体内单细胞功能基因组学

数据构建：研究团队整合单核RNA测序（snRNA-seq）profiling与单细胞原位空间转录组成像，建立了产后心脏的高分辨率时空图谱。在产后第0天（P0）、...

课前准备--蛋白蛋白分子对接的位点搜索逻辑（二）

这种情况实际上是蛋白–蛋白诱导契合（induced fit）/构象选择（conformational selection）问题。此时不能简单把两个静态 PDB ...

课前准备--蛋白蛋白分子对接的位点搜索逻辑（一）

蛋白–蛋白分子对接（protein–protein docking）的位点搜索逻辑，和蛋白–小分子对接最大的区别是：通常不是先定义一个固定的“小口袋”，而是要在...

文献分享（visium HD）--转座元件与同型生态位驱动黑色素瘤表观遗传免疫治疗中的免疫动态与耐药

研究设计：从13份冰冻肿瘤组织（5名晚期皮肤黑色素瘤患者）中，在基线（第0周）、治疗中（第4周）和较晚治疗时间点（第12周）纵向收集活检。患者分为应答者（R；完...

课前准备--两个多聚体蛋白（四级结构）如何进行分子对接

两个多聚体蛋白之间的对接，和普通“小分子–蛋白”对接完全不同。核心问题不是“配体进入口袋”，而是：

文献分享（visium HD）--重症肌无力胸腺重塑类别转换 B 细胞，使其转变为 BAFF 依赖性的存活细胞

翻译摘要： 重症肌无力（MG）提出了一个临床挑战：自身抗体滴度难以预测疾病严重程度，胸腺切除术的获益也不一致。我们假设胸腺B细胞获得了绕过经典耐受检查点的存活机...

文献分享（xenium）--空间组织化的 SPP1⁺ 巨噬细胞与 CD1C⁺ 常规树突状细胞相互作用，共同塑造 EGFR 突变型非小细胞肺癌的免疫抑制性生态位

EGFR突变非小细胞肺癌（NSCLC）从免疫检查点抑制剂（ICI）治疗中获益有限，但与耐药相关的空间免疫机制尚不清楚。我们应用单细胞分辨率的多模态空间蛋白质组-...

课前准备--含金属离子的配体如何做分子对接

含金属的配体在金属酶抑制剂、金属配合物药物、抗癌药物、抗菌药物中非常重要。需要先区分两个概念：

文献分享--泛肿瘤空间转录组学揭示了肿瘤组织的保守特性

摘要： 肿瘤微环境（TME）是一个由多种细胞、蛋白质和其他生物成分构成的复杂体系，深刻影响肿瘤的生长、转移和治疗反应。TME内的生物学变异在遗传、通路、细胞和组...