文献分享（xenium 5k）--不同的滤泡性 T 细胞亚群调控淋巴瘤的进展及临床结局

研究目的与方法： 开展了泛癌分析，在滤泡性淋巴瘤（FL）背景下对比不同癌种，刻画滤泡性T细胞亚群特征。共分析26种癌症类型的30个单细胞RNA测序数据集，在计算...

文献分享--多种感染在转录水平重编程肠上皮及上皮-免疫细胞相互作用

过去，一个人要完成单细胞测序分析，需要熟悉 R、Python、统计学、细胞生物学和多种分析软件。现在，AI 可以辅助编写 Seurat、Scanpy、Monoc...

文献分享（xenium）--人类成人和儿童从压力负荷到衰竭右心室进展的多模态转录组图谱

右心室衰竭（RVF）独立预测心力衰竭的死亡率，但其病理生理学知之甚少。本文提出了人类右心室压力负荷和衰竭的多模态图谱，包括成人（bulk RNA-seq n=1...

Xenium / CosMx 目标细胞邻域分析：关键注意事项

对于 Xenium 和 CosMx 这类单细胞分辨率空间转录组平台，如果想研究某一类目标细胞（例如肿瘤细胞、Treg、巨噬细胞或中性粒细胞）周围的微环境，最重要...

知识扩展--Firmonertinib治疗携带EGFR P-loop和αC-helix压缩（PACC）突变的晚期非小细胞肺癌

核心研究：Firmonertinib（一种新型口服、可穿透血脑屏障的突变选择性EGFR酪氨酸激酶抑制剂）在EGFR PACC突变NSCLC中的临床前活性及1b期...

基因变异（以EGFR L858R为例）在空间转录组（xenium等）上的影响和体现

主要方向：EGFR L858R 这样的基因突变，可以通过空间转录组（Xenium、Visium HD、Stereo-seq 等）研究其对肿瘤细胞状态、信号通路、...

文献分享--空间转录组学揭示致命性COVID-19肺部的原位细胞和分子标志

核心问题：严重COVID-19可诱导进行性弥漫性肺泡损伤（DAD）导致致命后果，但肺部损伤的分子背景尚未完全建立。

Atera思想碰撞--细胞再分群采用空间亚型还是分子亚型？

例如：同样是巨噬细胞，一部分邻近 T 细胞和树突状细胞，另一部分邻近中性粒细胞和血管相关细胞。

Atera项目分析--Atera在分析细胞niche、细胞邻域方面的提升

Atera与传统的空间转录组分析相比，它的主要技术方向是将全转录组检测、细胞级表达分析和组织空间定位结合起来。厂商公布的 Atera WTA 方案覆盖约 18,...

内容补充--辅酶 / 配体分子的 Gaussian RESP 电荷与 GAFF2 参数化

对于蛋白质–辅酶或蛋白质–小分子配体复合物的 GROMACS 分子动力学模拟，核心工作是为非标准分子建立合理的原子部分电荷、键合参数和拓扑文件，并确保这些参数与...

Atera项目分析--稀有细胞类型的注释与CNV分析的提升

文献分享（visium HD + xenium）--空间组学解析神经母细胞瘤中的肾上腺素能（ADRN）和间充质（MES）细胞状态

核心问题：神经母细胞瘤患者肿瘤中是否存在恶性间充质（MES）肿瘤细胞，此前一直存在争议。

顶刊分享（xenium 5k）--肺癌拦截的浸润前调节性T细胞轴

晚期非小细胞肺癌（NSCLC）极少可治愈，因此需要在疾病进程更早期进行干预。越来越多证据表明，抗肿瘤T细胞反应在早期肿瘤发生过程中就已经被启动，但随后逐渐失调。...

文献分享（visium HD）--空间转录组学揭示骨关节炎软骨下骨微环境异质性

尽管越来越多的证据表明软骨下骨改变与骨关节炎（OA）相关，但软骨下骨重塑的空间组织仍不清楚。本研究将空间转录组学应用于人类软骨下骨，识别出一个空间保守的成骨核心...

顶刊分享（visium HD & xenium）--人类心脏发生动力学及其在21三体综合征中的破坏

人类心脏发生需要由心脏中胚层和神经嵴来源的多种细胞类型之间协调相互作用。这些细胞群体 orchestrating 关键过程，如窦房结（SAN，心脏主要起搏器）的...

文献分享（SeekSpace + visium HD + xenium 5k）--多平台单细胞和空间转录组学揭示男性乳腺癌的性别特异性恶性状态和结构

背景： 男性乳腺癌（MBC）罕见，目前主要使用从女性乳腺癌（FBC）衍生的知识进行管理。

文献分享--γδ T细胞调节小细胞肺癌的抗肿瘤免疫

Infiltration of γδ T cells in SCLC（γδ T细胞在SCLC中的浸润）：

文献分享--PD-1阻断后肿瘤浸润浆细胞谱分析揭示肿瘤特异性抗体

背景： 肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs）在免疫检查点阻断背景下对抗肿瘤反应的作用尚不完全清楚。

文献分享--人类面部多样性背后的细胞类型和调控元件图谱

人类遗传多样性产生了惊人的面部形状多样性，而颅面畸形是最常见的出生缺陷之一。识别介导基因组影响面部变异的细胞机制仍然是一个挑战。研究构建了一个跨越胚胎第6-11...

顶刊分享（xenium）--跨脑部疾病的转录组脆弱性单细胞图谱

神经退行性和神经精神疾病给社会带来了巨大的公共卫生负担。然而，对这些高度复杂病症的分子机制的理解仍然有限。为了深入洞察不同脑部疾病的病因，研究团队使用来自1,4...