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如何查询给定染色体Genbank标识符的NCBI序列，并使用Biopython启动和停止位置？
CP001665 NAPP TILE 6373 6422 .
浏览 1修改于2015-08-29得票数 0
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6 qseqid sacc stitle ssciname nident qlen" -num_alignments 10000 -query QUERY > OUT.csvError: NCBIC++ Exception:
T0 "/build/ncbi-blast+-S1iyIZ/ncbi-blast+-2.9.0/c++/src/serial/objistrasnb.cpp",line 499: Error:
浏览 34提问于2021-12-15得票数 0
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我目前正在写一个程序，它需要我从NCBI上抓取文章。我正在使用Entrez Utilities来做这件事(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25497/)。但是，我想从NCBI的books部分抓取数据，因为pubmed部分包含不完整的文章(例如，比较https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20301533/与https://www.ncbi<
浏览 13修改于2020-07-04得票数 1
我得到了ncbi-blast: not found，尽管它应该在那里(https://packages.debian.org/jessie/amd64/ncbi-blast+/download) libapache2-mod-php5 \ php5-gd && \
ncbi-blast
浏览 0修改于2018-06-26得票数 0
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我正在试着从ncbi下载所有与一个有机体相关的fasta文件。我尝试使用wget -r -l3 -A "*.fna.gz" ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Microcystis_aeruginosa/从第三级开始获取所有以.fna.gz结尾的文件，但随后它拒绝了所有具有以下输出的文件：
已删除“ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refse
浏览 2提问于2016-02-20得票数 0
我试图从NCBI下载GSE数据，并按照我在youtube中找到的一些命令进行操作，但您可以看到以下错误消息：library(GEOquery)
Error in library
浏览 12修改于2016-02-04得票数 1
有没有一种方法从NCBI数据库链接中获取序列(使用香草JS)？
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/KTC77672.1?但NCBI可能有一些不同。
浏览 0提问于2019-07-17得票数 0
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import bs4from bs4 import BeautifulSoupurl.raise_for_status()
filename
浏览 6提问于2021-01-13得票数 0
我想用不同的序列运行几个BLAT查询，然后对结果执行多个序列对齐。我知道有一种使用BLAT的方法，但我不确定BLAT。
浏览 1修改于2015-08-29得票数 0
为了准备主成分分析( PCA )，我想把一个两列文件转换成一个0和1的表。输入文件由第一列中的细菌名称和第二列中的细菌描述符组成。输入文件(制表符分隔)：bacteria_1 protein:proph:183386bacteria_3 protein:plasmid:14
浏览 5修改于2014-02-24得票数 0
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windows10上的NCBIpsiblast -in_msa 1.sequence.txt -db nr -comp_based_stats 0 -out_ascii_pssm seqpssm.txtError: NCBI C++ Exception:
T0 "..\..\..\..\..\..\src\objtools\readers\aln_reader.cpp", line 649: Error: ncbi::CAlnReade
浏览 1提问于2018-03-05得票数 1
我已经开始用Python学习selenium，基本上，我是一名生物信息学的学生。我想从链接下载一个"fasta“格式的DNA序列数据：
from selenium import webdriver
drive
浏览 5修改于2022-09-03得票数 0
有没有可能直接链接到“NCBI爆炸站点”，给出GI。例如，GI 903049的序列具有以下链接：
我想直接链接到这个网站，而不必去NCBI。谢谢。
浏览 2修改于2013-01-09得票数 0
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你好，我需要从NCBI网页的蛋白质页面提取特征表。页面示例如下：
我正在用Python3.x编写脚本，使用BeautifulSoup包来获取页面的html。
浏览 6提问于2016-12-17得票数 0
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我一直试图将使用snakemake.remote.NCBI与访问熊猫数据和使用通配符结合起来，但我似乎无法做到这一点。我希望在我的工作流程中使用“物种”中的值作为通配符{物种}的值，我希望我的规则使用snakemake.remote.NCBI以fasta格式下载每个物种的基因组序列，然后将其输出到一个文件“{物种}_gen.fafrom snakemake.remote.NCBI import RemoteProvider as NCBIRemoteProvider
configfile: &quo
浏览 0修改于2019-08-29得票数 1
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