blast给定GI NCBI核苷酸数据库

Question

我有本地数据库驱动的网站，其中包含一些序列，这是通过他们的GI号码唯一标识。有没有可能直接链接到“NCBI爆炸站点”，给出GI。例如，GI 903049的序列具有以下链接：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049

它链接到这个blast页面：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=U22848.1&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

我想直接链接到这个网站，而不必去NCBI。谢谢。

Answer 1

你可以使用ncbi efetch来下载你所有的gis：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=903049&rettype=fasta&retmode=text

并运行blast的本地版本：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

你也可以问Biostar：http://www.biostars.org/show/questions/