问获取给定taxID下的NCBI taxID
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Stack Overflow用户

提问于 2017-09-19 23:18:14

回答 1查看 244关注 0票数 0

与此线程有些类似：

How can I get taxonomic rank names from taxid?

我有一个属的taxID，我想拉出该属下的所有taxID或登录号。有人能给点建议吗？

taxonomy

ncbi

python-3.x

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2018-06-04 12:47:30

在这一点上，ETE工具包也可以提供帮助。ETEtoolkit tutorial的“获得后代分类群”部分就是您所需要的。有关更多详细信息，请参阅链接。下面是相关代码。

例如taxID 171属(钩端螺旋体)

from ete3 import NCBITaxa
ncbi = NCBITaxa()
descendants = ncbi.get_descendant_taxa(171)
# to print names of the taxIDs in the descendants
print(ncbi.translate_to_names(descendants))

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/46304132

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