问NCBI基因数据库问题
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Stack Overflow用户

提问于 2011-05-02 04:58:03

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我正在尝试查找带有基因名称和染色体位置的gene_info文件。然而，我似乎无法在NCBI FTP站点上找到它。有人能给我指点一下吗？

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发布于 2011-05-02 22:02:28

有关NCBI ftp站点上哪些文件中包含哪些内容的详细信息，请参阅：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README。

如果您想要从NCBI本身获取数据，您将需要组合多个文件，可能是一个gene2accession (也包括位置信息)和一个将If映射到符号和名称等的gene_info文件。

去加州大学的网站获取这些信息可能更方便，他们还提供了一个公共的mysql数据库，如果你想了解这些信息的话：http://workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient.html。

如果你只想要人类、老鼠或老鼠的数据，那么Rat Genome Database已经编译了你想要的数据(来自NCBI和Ensembl的新鲜来源)：ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release

例如，对于人类数据，请查看：ftp://rgd.mcw.edu/pub/data_release/GENES_HUMAN.txt

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/5851365

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