文章/答案/技术大牛

发布

社区首页 >问答首页 >通过香草javascript从ncbi获取fasta

问通过香草javascript从ncbi获取fasta
EN

Stack Overflow用户

提问于 2019-07-17 15:37:43

回答 1查看 104关注 0票数 0

有没有一种方法从NCBI数据库链接中获取序列(使用香草JS)？

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/KTC77672.1?report=fasta&log$=seqview&format=text

我用其他数据库(uniprot)做了这个工作。但NCBI可能有一些不同。

async function getData(url) {
  const data = await fetch(url);
  return data.text();
}

const test = getData('https://www.uniprot.org/uniprot/E5G0U9.fasta').then((r) => console.warn(r));

test.html：

<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
    <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="ie=edge">
    <link rel="stylesheet" href="https://maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.3.7/css/bootstrap.min.css">
    <link rel="stylesheet" href="https://use.fontawesome.com/releases/v5.8.1/css/all.css" integrity="sha384-50oBUHEmvpQ+1lW4y57PTFmhCaXp0ML5d60M1M7uH2+nqUivzIebhndOJK28anvf" crossorigin="anonymous">
    <title>test</title>
</head>
<body>
    test
</body>
<script src="test.js"></script>

javascript

bioinformatics

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2019-07-18 04:41:01

问题中的链接不会以纯文本的形式返回FASTA格式。它使用pre标记返回HTML，使其看起来像纯文本。

您应该使用NCBI E-实用程序API -特别是efetch方法。

示例蛋白质的URI如下所示：

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=KTC77672.1&rettype=fasta

所以在Javascript函数中试试这个。似乎工作在我的Chrome控制台(见图片)。

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/57079622

复制

相似问题

问通过香草javascript从ncbi获取fasta
EN

回答 1

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问通过香草javascript从ncbi获取fastaEN

回答 1

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问通过香草javascript从ncbi获取fasta
EN