将GEO数据从NCBI下载到R

Question

我试图自己学习使用R& Bioconductor的生物信息学分析，但在早期阶段，我搞砸了！我试图从NCBI下载GSE数据，并按照我在youtube中找到的一些命令进行操作，但您可以看到以下错误消息：

# First Step:
library(GEOquery) 
Error in library(GEOquery) : there is no package called ‘GEOquery’

# Second step:
require(GEOquery) 
Loading required package: 
GEOquery Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :   
  there is no package called ‘GEOquery’ 
library(GEOquery) 
Error in library(GEOquery) : there is no package called ‘GEOquery’ 

# Third step:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    
  cannot open the connection 
In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : unsupported URL scheme

# Forth step:
biocLite("GEOquery") 
Error: could not find function "biocLite" 

Answer 1

看起来你还没有安装这个包。首先，你应该做install.packages("GEOquery")。

对于你的第三步，我不确定https://bioconductor.org/biocLite.R是否是在线发布的R脚本，或者是什么，我试图打开，但它显示找不到。我假设您想在这里运行一个R脚本，因为您使用了source()。如果您有R脚本，请将其保存到您的目录中，因此获取目录路径并将其放入source()中，然后就可以成功运行它。

然后对于您的第四步，这是因为您没有正确运行biocLite.R，函数没有保存到环境中，这就是它失败并给您一个错误的原因。

总的来说，你有两个主要的问题: 1.你没有下载包(导致第一步和第二步失败) 2. source()中的参数是错误的，导致第三步和第四步失败。

希望这能有所帮助。

Answer 2

biocLite()是Bioconductor包中的一个函数。要使用它，您需要先安装Bioconductor。