使用Biopython通过NCBI运行BLAT搜索

Question

我想用不同的序列运行几个BLAT查询，然后对结果执行多个序列对齐。

如何使用Python运行这些BLAT查询？

我知道有一种使用BLAT的方法，但我不确定BLAT。

Answer 1

• 如果您想要在线使用BLAT，就没有像Bio.Blast.NCBIWWW这样的工具了。
• 如果您想在本地使用BLAT，就没有像Bio.Blast.NCBIStandalone这样的工具

好消息是您可以在本地安装BLAT并使用subprocess库调用BLAT，而Biopython提供了解析输出的Bio.SearchIO.BlatIO。或者，您可以尝试将查询提交到BLAT的网站，并获得本地解析它的输出。

但是，如果您是python的新手，我认为第一个选择是简单的路径。