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pip install MDAnalysisCollecting MDAnalysis输出：这两样都不管用。pip install git+https://github.com/MDAna
浏览 16修改于2021-03-10得票数 1
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我想用MDAnalysis 1.0.0计算每个苯分子质量中心的RDF。import MDAnalysis%matplotlib inlineimport matplotlib.pyplot as plt
u = MDAnalysis.Universe("739-c6h6-MolDynamics.tpr",
浏览 9修改于2021-02-23得票数 3
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我试图使用以下命令为一个大学项目安装mdanalysis：Numpy已经安装好了，所以它运行得很好，但是对于mdanalysis，我得到：
-I/tmp/pip-install-kpddjyii/mdanalysis_304f5152ac494a7e86bfe16e8b723b16/MDAnalysis/lib/formats_304f5152ac494a7e86bfe
浏览 0提问于2021-08-31得票数 -1
我试图从琥珀加载一个.crd文件，但是这失败了，因为它不是MDAnalysis expect格式的(请参阅最后的错误)：trajectory = 'amberOut.crd'我看到了这个和这个，如果我可以使用MDAnalysis读取琥珀.crd文件的话，我不想使用它。(topology, trajectory)
File "/anaco
浏览 5提问于2018-02-07得票数 1
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我使用的是Windows11，我安装了Anaconda，创建了一个新的环境，并安装了所需的模块(MDAnalysis，通过Anaconda )。pip install mdanalysis返回错误：----> 6 import mdanalysis as md
ModuleNotFoundError: No
浏览 26修改于2022-10-29得票数 0
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我使用MDAnalysis编写了一些工作代码，可以将质量时间序列的残差中心保存在数组中，但我不知道是否有一种更全面、更高效/快速的方法(理解、数组操作.)做这件事。import MDAnalysis as mdaarr = np.empty(( len(mdau.select_atoms("protein
浏览 10提问于2022-01-19得票数 2
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我试图使用MDAnalysis (MDAnalysis.import MDAnalysisimport numpy as np
u = MDAnalysis.Universe
浏览 4修改于2018-03-13得票数 1
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在阅读完文档之后，我仍然不能想出一种方法来用MDAnalysis在我的pdb文件中选择一个特定的原子。 在我的项目中，我基本上是在外加电场中通过膜通道拉动氯化物。我想用MDAnalysis来特别选择这个被推入通道的氯化物。不幸的是，这并不是同一系统中唯一的氯化物，甚至不是唯一的氯化物，所以选择一个新名称或部分对于识别我想要跟踪的氯化物没有什么用处。本质上，对于MDAnalysis，我将运行一个计算，使用一个特定氯化物的轨迹，来计算位移电荷函数。我很难写出代码来告诉MDAnalysis我想要那个特定的氯化物。我在NAMD中区
浏览 48提问于2021-07-01得票数 1
我有一个从MDAnalysis.pca.transform()生成的形状为(150017，5)的数组tpcs。我正在尝试将其加载为轨迹，以使其可视化。ea97f213be3c> in <module>()/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/cor
浏览 11修改于2017-07-27得票数 0
本质上，我在想，对于我轨道上的每一帧，MDAnalysis会检查帧1中离子1的位置，然后在第2帧中，它会再次检查相同的离子，并将其与前一个位置进行比较。
浏览 22提问于2021-12-07得票数 1
我尝试用PCA文件来执行主成分分析( MDAnalysis包)--这个PCA文件包含100个对齐结构(当然，它们是相同的--它意味着相同的原子类型和数量；它是在PyMol中完成的)。我想知道是否有人曾经尝试过这样的东西，或有良好的MDAnalysis经验，并能给我任何建议(我是新的计算化学)。我认为，代码并不那么需要，但我附加了以下内容：import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.pca
浏览 3提问于2019-11-26得票数 0
我是Python和MDAnalysis的新手。我正在尝试使用MDAnalysis进行分析。非常感谢 t=50
with open('lineCNT16.gro
浏览 0修改于2019-01-08得票数 1
我有三个轨道复制(xtc)膜蛋白在模拟生理环境(水，离子，膜.)在MDAnalysis‘(2.2.0)宇宙中。我想保存另外三个只包含蛋白质轨迹(蛋白质原子)的xtcs，每一个原始xtc轨迹一个。当我试图遍历包含在宇宙中的三个MDAnalysis阅读器中的每一个时，第一个保存的轨迹似乎是正确的，但是其他两个在所有帧中都有相同的坐标。开始的，完整的轨迹是正确的。代码：u = mda.Universe("11159_dyn_117.pdb", "11156_trj_
浏览 15提问于2022-07-13得票数 1
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MDAnalysis的距离选择命令，如“box”和“sphzere”，从周期图像中选择原子(我使用的是矩形框)。
浏览 2修改于2017-01-16得票数 0
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我试图使用泡菜转储一个MDAnalysis.universe对象，但是我得到了错误消息，如 File "convert.py",
浏览 4修改于2015-07-23得票数 1
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我认为这个小模式因此，我编写了一个次要模式，它只定义了keymap和简易菜单：(defvar bk-mdanalysis-mode-map map)(easy-menu-define mda bk-mdanalysis-mode-map"bk-mdanalysis-mode menu&qu
浏览 1修改于2012-10-12得票数 0
from MDAnalysis.analysis.density import Density import numpy as np
PDB = '/Users/joveyosagie/Desktop/1vmd6lu7.
浏览 14修改于2022-10-27得票数 1
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