如何使用.prmtop从琥珀加载.crd和MDAnalysis文件？

Question

我试图从琥珀加载一个.crd文件，但是这失败了，因为它不是MDAnalysis expect格式的(请参阅最后的错误)：

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

我看到了这个线程和这个图书馆，如果我可以使用MDAnalysis读取琥珀.crd文件的话，我不想使用它。

知道为什么不起作用吗？如果我在VMD中加载轨迹，我将使用以下命令(它可以工作)：

vmd -parm7 top.prmtop -crdbox amberOut.crd

Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'

Answer 1

在命令中为format="TRJ"使用宇宙关键字参数：

u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")

您说使用VMD与"crdbox“，"crdbox”扩展被MDAnalysis识别为琥珀ASCII弹道。但是，用于文件的"crd“扩展名已经用于CHARMM坐标文件("CRD”文件)，因此需要为Universe显式指定轨迹格式。

(如果你给出你的轨迹扩展"crdbox“或"trj”，如"amberOut.crdbox“或"amberOut.trj”，那么MDAnalysis将自动识别它为ASCII轨迹。但是，始终可以使用显式format关键字参数覆盖格式检测。)

更新:基于这个问题，我们更新了琥珀轨迹阅读器的MDAnalysis文档，以包括如何读取琥珀"crd“轨迹的注释。