如何在MDAnalysis中加载通过将轨迹投影到其主组件上而生成的数组？

Question

我有一个从MDAnalysis.pca.transform()生成的形状为(150017，5)的数组tpcs。我正在尝试将其加载为轨迹，以使其可视化。我试过了：

 u = mda.Universe(trjpath+'md.gro', tpcs)

这将返回错误：

ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-80-ea97f213be3c> in <module>()
----> 1 u = mda.Universe(trjpath+'md.gro', tpcs)
/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/core/universe.pyc in __init__(self, *args, **kwargs)
    276             else:
    277                 coordinatefile = args[1:]
--> 278             self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
    279 
    280         # Check for guess_bonds
/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/core/universe.pyc in load_new(self, filename, format, in_memory, **kwargs)
    424         kwargs['n_atoms'] = self.atoms.n_atoms
    425 
--> 426         self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
    427         if self.trajectory.n_atoms != len(self.atoms):
    428             raise ValueError("The topology and {form} trajectory files don't"
/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/coordinates/memory.pyc in __init__(self, coordinate_array, order, dimensions, dt, filename, **kwargs)
    275                                  "does not match the shape of the coordinate "
    276                                  "array ({})"
--> 277                                  .format(provided_n_atoms, self.n_atoms))
    278 
    279         self.ts = self._Timestep(self.n_atoms, **kwargs)
ValueError: The provided value for n_atoms (132506) does not match the shape of the coordinate array (5)

如何将此数组加载到轨迹中？

Answer 1

您只能在gro文件中存储加载的三维数据。你使用的PCA空间是5维的。此外，用MDAnalysis可视化PCA空间是行不通的。您可以使用gromacs来显示PCA标识的状态之间的非物理变形。

单个PCA组件是可以使用matplotlib绘制的集合变量。单独或成对的。有关PCA空间的可视化，以及如何使用MDAnalysis和Gromacs可视化PCA找到的状态，请参阅此gist。