我可以做PCA (在python3.x中使用MDAnalysis )和PDB文件吗？

Question

我可能有比代码相关的更多的技术性问题。我尝试用PCA文件来执行主成分分析( MDAnalysis包)--这个PCA文件包含100个对齐结构(当然，它们是相同的--它意味着相同的原子类型和数量；它是在PyMol中完成的)。

我使用我以前为PCA编写的带有标准轨迹的代码，但是它返回错误“没有协方差信息可以从asingle轨道框架收集”。

因此，我的缺点是，PCA不能只使用PDB文件或它可以，但我没有正确的pdb-输入。我想知道是否有人曾经尝试过这样的东西，或有良好的MDAnalysis经验，并能给我任何建议(我是新的计算化学)。

我认为，代码并不那么需要，但我附加了以下内容：

import matplotlib.pyplot as plt
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.pca import PCA
import numpy as np

u = mda.Universe("mypdb.pdb") 
ca = u.select_atoms('name CA')


pca = PCA(u, select='name CA').run()
n_pcs = np.where(pca.cumulated_variance > 0.95)[0][0]
reduced_data = pca.transform(ca, n_components=n_pcs)

plt.plot(pca.variance, "-o")

Answer 1

如果mdtraj将PDB文件视为“多帧”PDB文件(而不是单个框架PDB)，则必须将每个构象按"END“而不是"TER”分隔。