安装和导入MDAnalysis上的？问题

Question

我正试图在Google上安装和导入MDAnalysis和MDAnalysisTests库，我尝试了三种方法，但都没有用：

1. 使用默认值的：!pip安装库

!pip install MDAnalysis

但我明白：

Collecting MDAnalysis
  Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/9e/19/1d32ded1891605facf6faf6e0de4ff6bd33db3f7983d84cfc10074363990/MDAnalysis-1.0.1.tar.gz
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

我读到这样的错误与缺乏补充库或其他相关，但我不知道在哪里可以找到更多的信息，所以我希望，也许这个论坛上的人知道MDAnalysis是否需要一些特定的信息。我不知道egg_info是什么，搜索我在代码中找到了一个带有文本#egg=的示例这里，但是在我上次的尝试中，我更多地谈到了这个选项。

1. 使用默认值的：！apt -qq安装-y库

!apt-get -qq install -y MDAnalysis

输出：

E: Unable to locate package MDAnalysis

这两样都不管用。

1. 来自GitHub

在预览问题中，我发现我可以从GitHub导入库！太棒了！(老实说，我根本不明白语法)，所以我寻找了MDAnalysis GitHub资源库，并编写了下一段代码：

!pip install git+https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git

输出：

Collecting git+https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git
  Cloning https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git to /tmp/pip-req-build-4e7svv83
  Running command git clone -q https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git /tmp/pip-req-build-4e7svv83
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

我发现了git+git:，git+ssh:的变体，但是没有工作。

这是MDAnalysis在Colab上工作的一个具体问题吗？还是代码有问题？我甚至试着用"mdanalysis“来改变"MDAnalysis”。我跟随Colab指南在这个论坛上安装和预览问题，但我没有结果。谢谢你的阅读。

Answer 1

从MDAnalysis 2.0.0开始，您可以使用pip在Colab中直接安装pip

!pip install MDAnalysis

请参阅Colab笔记本install.ipynb示例，以获得安装MDAnalysis 2.1.0以及测试和MDAnalysisData包(例如数据)的演示。

Answer 2

您可以使用conda在Colab中安装MDA (需要一段时间)。

!wget -O mini.sh https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh 
!bash ./mini.sh -b -f -p /usr/local
!conda install -q -y --prefix /usr/local -c conda-forge mdanalysis
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

然后您可以导入它。

import MDAnalysis as mda