如何有效地遍历MDAnalysis轨迹，保存剩余属性时间序列？

Question

我使用MDAnalysis编写了一些工作代码，可以将质量时间序列的残差中心保存在数组中，但我不知道是否有一种更全面、更高效/快速的方法(理解、数组操作.)做这件事。

import MDAnalysis as mda
mdau = mda.Universe(pdb, xtc)
arr = np.empty(( len(mdau.select_atoms("protein").residues), len(mdau.trajectory), 3 ))
# 288 protein residues, 1250 frames and 3 xyz-coordinates per center of mass; this array shape is important
for ts in mdau.trajectory:
    for num, res in enumerate(mdau.select_atoms("protein").residues):
        arr[num, ts.frame] = res.atoms.center_of_mass()

我使用的.pdb和.xtc文件可以在以下链接中下载：https://submission.gpcrmd.org/dynadb/files/Dynamics/11579_dyn_169.pdb https://submission.gpcrmd.org/dynadb/files/Dynamics/11576_trj_169.xtc

Answer 1

您可以对代码进行一些更改：

在for循环之外选择蛋白质原子，而不是在每个iteration

• vectorise上通过将compound='residues'参数传递给center_of_mass方法

• 将质量计算中心传递给center_of_mass方法

• 使用ag.n_residues和u.trajectory.n_frames属性

F 211

下面是对使用以下建议的代码的更新：

import numpy as np
import MDAnalysis as mda

u = mda.Universe('11579_dyn_169.pdb', '11576_trj_169.xtc')
protein = u.select_atoms("protein")
arr = np.empty((protein.n_residues, u.trajectory.n_frames, 3))

for ts in u.trajectory:
    arr[:, ts.frame] = protein.center_of_mass(compound='residues')