MDAnalysis如何索引收费？

Question

我一直试图找出这个过程，这是非常依赖于指控。然而，我发现，对于水，我得到一个不等于水分子电荷之和的值。为了研究这个问题，我想比较一下MDAnalysis和我的拓扑文件所使用的费用的值，看看问题在哪里。

在我的初始代码中，我可以通过以下方式调用收费：

    for ts in u.trajectory[ini_frames:]:
    count += 1
    membrane = u.select_atoms('segid PROA or segid PROB or segid MEMB')
    COM = membrane.atoms.center_of_mass()[2]
    q_prof = CLAs.atoms.charges * (CLAs.positions[:,2] + (Lz/2 - COM))/Lz
    Q_instant = np.sum(q_prof)
    Q_sum += Q_instant
Q_av = Q_sum / n_frames

这对我起作用的地方

CLAs = u.select_atoms("segid HETA or segid PROA or segid PROB or segid MEMB or segid IONS")

因此，为了看看这种差异可能来自哪里，我试图：

def Q_code(dcd, topo):
Lz = u.dimensions[2]
Q_sum = 0
count = 0
CLAs = u.select_atoms('segid TIP3')
ini_frames = -20
n_frames = len(u.trajectory[ini_frames:])
for ts in u.trajectory[ini_frames:]:
    for i in CLAs:
        with open('Q_atom_temp.csv', 'a') as f:
            new_line = [s, i, i.charges, CV1_dict[s], CV2_dict[s]]
            writes = csv.writer(f)
            writes.writerow(new_line)
            f.close()
fields = ['Window', 'Atom', 'Charge', 'CV1', 'CV2'] with
 open('Q_atom_temp.csv', 'a') as f:
      writer = csv.writer(f)
      writer.writerow(fields) f.close()

但我发现了错误：

那么，我将如何制作一个文件来显示哪个原子对应于哪个电荷呢？

指标不同吗？谢谢你的帮助！

Answer 1

结果，这是以同样的方式编制索引的。我的问题是我把东西应用到每个原子上，而不是它的分子上。当我这么做的时候，我得到了一个有意义的答案。

因此，对于任何阅读这篇文章的人，您可以使用相同的索引来迭代您的位置和收费。

for i in range(len(CLAs.positions[:,2])):
        #print(CLAs.atoms.charges[i], CLAs.atoms.names[i], CLAs.positions[i,2])
        total_charge += CLAs.atoms.charges[i]
        count += 1
        position += CLAs.positions[i,2]
        if count == 5:
            count = 0
            av_position = (position / 5)
            q_prof += total_charge * (av_position + (Lz/2 - COM))/Lz
            position = 0
            total_charge = 0

这个代码是观察单个电荷，把它映射到一个相同离子的位置，然后在水分子完成后，取这个分子的电荷乘以它相对于盒子的平均位置。