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MindSponge分子动力学模拟——使用MDAnalysis工具进行后分析（2024.02）
目前来说，基于Python的开源工具MDAnalysis（简称mda）是一个比较常用的MD后分析工具。 然后MDAnalysis可以用pip直接安装（这里我们使用的是pip清华源）： $ python3 -m pip install mdanalysis --upgrade Looking in indexes 关于h5md格式的轨迹文件，可以用silx这个工具来进行直观的可视化： 这是体系能量极小化过程中的能量变化曲线： 并且保存了轨迹数据： MDAnalysis分析 使用MDAnalysis进行分析的主要流程 ，就是用拓扑结构文件和轨迹文件构建两个MDAnalysis.Universe对象。 MDAnalysis，然后就可以调用MDAnalysis的相关分析函数接口，十分的方便。
1.3K10编辑于 2024-03-01 - 来自专栏AI研习社
谷歌公布GSoC 2020 暑期代码项目名单，200个开源项目30个新增
MDAnalysis（https://www.mdanalysis.org ） MDAnalysis是一个分析分子动力学模拟的Python工具包，用于在分子水平上进行多体系统的计算机模拟，涵盖从药物与蛋白质的相互作用到新材料的使用案例 MDAnalysis是为科学家编写的项目，用于世界各地学术界和国家研究实验室的生物物理学、化学、材料学的前沿研究。
98610发布于 2020-02-26 - 来自专栏DrugScience
Py3DMol--a little more
Objects from MDAnalysis, MDTraj, OpenBabel, and CClib can be visualized and manipulated directly in a MDAnalysis，MDTraj，OpenBabel和CClib中的对象可以在笔记本中直接可视化和操作。
1.4K10发布于 2021-02-04 - 来自专栏全栈程序员必看
python分子化学模拟_#分子模拟#MDTraj分子模拟python包（一）
MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。
1.9K40编辑于 2022-08-25 - 来自专栏Dechin的专栏
MindSponge分子动力学模拟——自建力场（2024.03）
END 有了这个pdb结构文件，我们就可以用VMD来进行可视化了： 如果需要保存完整的轨迹文件，那就需要用到MindSponge所支持的h5md数据结构，相关方法可以参考这篇博客中的范例，其中还包含了使用MDAnalysis
41710编辑于 2024-03-23 - 来自专栏机器之心
GNN for Science: 腾讯AI Lab、清华共同发文综述等变图神经网络
在大分子方面：MDAnalysis 是一个较为完备的关于蛋白质级别的分子动力学模拟的数据。Atom3D 是一个综合数据集，包含 8 个具有几何信息的分子预测任务，范围从小分子到 RNA 和蛋白质。
1.6K40编辑于 2022-03-25 - 来自专栏智药邦
用机器学习预测药物在靶点上的停留时间
VMD、Chimera或MDAnalysis可以帮助提取这些特征，努力获得适合于系统和要建模的特征。 4.应用几种不同的ML方法，使用本章中概述的分割策略。
1.5K11编辑于 2021-12-06
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