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如何使用IRanges输入宽度负值？下面是我们正在使用的代码：library(IRanges)chr <- "chr1"
s <- dat[[2]]l <- dat
浏览 4提问于2012-06-15得票数 2
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我正在尝试使用IRanges将一组范围分组为唯一的集合。我希望至少有100个重叠部分。这不管用。有人能帮我吗？我怀疑这与reduce()的工作方式有关，但我似乎想不出解决方案。示例：end.vec<-c(2374,2737,3408,3408)
ir<-IRanges(start.vec,end.vec)
浏览 6修改于2013-03-28得票数 1
问题##### INSTALLATION FROM SRC CODE ######source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("IRanges</
浏览 6修改于2016-03-09得票数 0
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我有两个普通的IRanges对象，它们跨越相同的总范围，但可能在不同的范围内。每个IRanges都有一个mcol，但该mcol在不同的IRanges上是不同的。a# start end width | on_betalac<integer> <integer> <integer> | <logical>
# [1]
浏览 8修改于2019-04-09得票数 0
我能想到的最好的办法就是
gr = GRanges('toyChr',IRanges(cumsum(c(0,runLength(toyData)[-nrun(toyData)])),
浏览 5修改于2016-09-13得票数 7
c("94633X94644Y95423X96130", "124240X124494Y124571X124714", "135654X135660Y136226X136786") USE.NAMES = FALSE)
function(x) IRangesas.integer(x[, 2L])),
sim
浏览 2提问于2020-02-13得票数 1
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我想将一个IRanges列表合并到一个IRanges中。下面是一个示例输入： [[1]] start end width1 21 21 | FALSEIRanges1] 1 21 21 |
浏览 10提问于2019-04-10得票数 1
1000个IRange对象(CG_seqP)的列表
[26] 215 216 2长度(这些IRanges
浏览 0修改于2018-06-23得票数 1
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5: 8 10 2 7: 15 20 0 但是，我找不到如何使用R data.table中的foverlaps()或IRanges查看IRanges也不能给出预期的重叠间隔计数： > library(IRanges)IRanges object with 3 ranges and 0 metadata columns
浏览 18修改于2019-04-15得票数 3
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))
ir <- IRanges单独使用IRanges 如何获得类似的东西？
我怀疑这与RangedData有关，但我一直未能看到如何得到我想要的东西。这是我试过的..。
浏览 1提问于2014-04-15得票数 1
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我只是浏览了一些问题，发现了这段我不理解的代码，可能对下载R中的一个IRanges包很有用，代码与间隔有关。
浏览 1修改于2013-03-07得票数 0
我是IRanges包的新手，在获取IRange的最终值时遇到了麻烦。我能够毫无问题地获得start和width的值，这让我有点困惑，我的end的大小写/拼写与标题行匹配。library(IRanges)IRanges of length 1[1] 100645[1] 100645
[1] 20
Error: no slo
浏览 1修改于2012-03-17得票数 1
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我尝试使用IRanges包并将日期转换为整数(就像这里使用的(link)一样)，但对我不起作用。ir <- IRanges::IRanges(start = as.integer((as.Date(df$a_min_date))), end = as.integer((as.Date(df$a_max_date))))dat <- cbind(as.data.frame(ir), bin = bi
浏览 61修改于2019-03-22得票数 1
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在从生物导体安装limma和IRanges时，我得到以下错误：Installing package into/3.0’inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
* installing *source* package 'IRangesIRanges_constr
浏览 0修改于2015-05-27得票数 2
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我有两组IRanges要比较。我的目标是获得一个有重叠位置的输出，如果存在重叠，如果它们不重叠的话，作为负开始列出的范围的偏移。至少，如果我不能得到偏移量，我想要一个"0“来表示没有重叠。例如： start3 2[3] 19 23 5
浏览 3修改于2015-12-29得票数 1
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space ranges | cg00000957 1 [DMRSet=GenoSet(locData,Exprs,meth,unmeth,universe=NULL)
.Call2("IRanges_from_integer"，from，PACKAGE =" IRanges ")出错:无法从缺少值的整数向量创建IRanges</e
浏览 3提问于2012-10-19得票数 1
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我编写了大量代码，但由于我对这些包并不熟悉，所以我不确定是否遵循了这里的正确逻辑：library(GenomicFeatures)seqlevels(txdb, force=TRUE) = c("chr1")
#Creates IRangesir = IRanges(start=unlist(start(txdb))
浏览 2修改于2015-04-16得票数 2
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特别是，我试图找出是否有一种更好(更优雅、更简单)的方法来创建Bioconductor IRanges包中的情节(发现，第12页上的图，第11页上的代码)。+ xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))+ title(mai
浏览 1修改于2014-02-02得票数 8
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例如，以下代码：
ir <- IRanges (1:3，具有3个范围和0个元数据列的ir IRanges对象:起始端宽1 1 3 3 2 2 3 3 3覆盖范围(ir)长度5的整数Rle和5的运行长度
浏览 3提问于2017-06-29得票数 0
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