使用R中的genoset包构造对象

Question

genoset R包具有通过将几个矩阵和指定坐标的RangedData对象组合在一起来构建GenoSet的功能。

我有以下对象--三个具有相同名称的矩阵和一个格式如下的RangedData对象(称为locData)。

               space                 ranges |
            <factor>              <IRanges> |
 cg00000957        1 [  5937253,   5937253] |
 cg00001349        1 [166958439, 166958439] |
 cg00001583        1 [200011786, 200011786] |
 cg00002028        1 [ 20960010,  20960010] |
 cg00002719        1 [169396706, 169396706] |
 cg00002837        1 [ 44513358,  44513358] |

但是，当我尝试创建一个GenoSet时，我得到了以下错误。

 DMRSet=GenoSet(locData,Exprs,meth,unmeth,universe=NULL)

.Call2("IRanges_from_integer"，from，PACKAGE = " IRanges ")出错:无法从缺少值的整数向量创建IRanges对象。

我做错了什么？我放在一起的所有对象都有相同的行名，除了IRanges对象本身，我不认为它有行名，因为它不是一个矩阵。此外，locData的“列”包含非整数字符。

谢谢!

Answer 1

听起来你的"locData"可能不是RangedData。它也可以是一个GRanges。无论哪种方式，您都需要命名所有的参数。

一旦你通过了locData的麻烦，底层的eSet类将会为此感到不安。

DMRSet=GenoSet(locData=locData,exprs=Exprs,meth=meth,unmeth=unmeth,universe=NULL)

皮特