IRanges - minoverlap重叠

Question

我正在尝试使用IRanges将一组范围分组为唯一的集合。我希望至少有100个重叠部分。这不管用。有人能帮我吗？我怀疑这与reduce()的工作方式有关，但我似乎想不出解决方案。

示例：

start.vec<-c(2021,2378,2718,2275)
end.vec<-c(2374,2737,3408,3408)
ir<-IRanges(start.vec,end.vec)
grouped<-subjectHits(findOverlaps(ir,reduce(ir),minoverlap=100))

Answer 1

不是100%确定你在找什么，但是如果我

> hits = findOverlaps(ir, minoverlap=100L)

我得到了一个对象，它告诉我哪些查询与哪些主题重叠，哪些查询和主题实际上是相同的范围

> hits
Hits of length 10
queryLength: 4
subjectLength: 4
   queryHits subjectHits 
    <integer>   <integer> 
 1          1           1 
 2          1           4 
 3          2           2 
 4          2           4 
 5          3           3 
 6          3           4 
 7          4           1 
 8          4           2 
 9          4           3 
 10         4           4 

我可以获得一个集合列表，如下所示

> split(subjectHits(hits), queryHits(hits))
$`1`
[1] 1 4

$`2`
[1] 2 4

$`3`
[1] 3 4

$`4`
[1] 1 2 3 4

您可以使用以下命令排除自命中

> hits1 = hits[queryHits(hits) != subjectHits(hits)]

对于提出这些问题，Bioconductor mailing list是一个很好的资源