整数溢出，包“`IRanges`”在“R”中

Question

问题

我正在使用的软件包[IRanges][1]和需要准确地编码非常长的序列，超过2^31，约10倍。

从下面看，IRanges似乎使用了int32

##### INSTALLATION FROM SRC CODE ######
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("IRanges")

##### CALL PACKAGE #####
require(IRanges)


IRanges(start=1,end=2^31-1) # Works fine

IRanges(start=1,end=2^31)   # Fail
Error in .Call2("solve_user_SEW0", start, end, width, PACKAGE = "IRanges") : 
  solving row 1: range cannot be determined from the supplied arguments (too many NAs)
In addition: Warning message:
In .normargSEW0(end, "end") : NAs introduced by coercion to integer range

由于这个软件包经常用于DNA序列，因此能够处理大于2^32 (≈10^9)的值将是非常有用的，因为许多生物的基因组长度都大于这个值。

问题

• 我认为这是整数溢出问题是正确的吗？
• 你会遇到同样的问题吗？
• 有办法解决这个问题吗？
  • 是否可以(也很容易)找到源代码，只修改对象类型
  • 你认为这个包还有别的版本吗？

​

我发现的唯一解决办法是接受降低我的精确度，并将每个宽度除以100.但我不太满意降低我的准确性。

R版

R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

Answer 1

您正在达到可以用R表示的整数大小的极限。

> .Machine$integer.max
#[1] 2147483647
> log2(.Machine$integer.max)
#[1] 31

有一些特殊的库，如bit64或gmp，用于处理64位有符号整数。但是，不确定这些包表示的整数是否与其他库兼容。