排序IRanges的列表对象以使所有元素减少

Question

我很难按顺序排列一个列表元素.

我有一个ByPos_Mindex对象或1000个IRange对象(CG_seqP)的列表

 C <- vmatchPattern(CG, CPGi_Seq, max.mismatch = 0, with.indels = FALSE)



IRanges object with 27 ranges and 0 metadata columns:
           start       end     width
       <integer> <integer> <integer>
   [1]         1         2         2
   [2]         3         4         2
   [3]         9        10         2
   [4]        27        28         2
   [5]        34        35         2
   ...       ...       ...       ...
  [23]       189       190         2
  [24]       207       208         2
  [25]       212       213         2
  [26]       215       216         2
  [27]       218       219         2

长度(这些IRanges的1000)

然后，我将其更改为只包含起始整数的列表(这是我想要的)

CG_SeqP <- sapply(C, function(x) sapply(as.vector(x), "[", 1)) 



[[1]]
 [1]   1   3   9  27  34  47  52  56  62  66  68  70  89 110 112
[16] 136 140 146 154 160 163 178 189 207 212 215 218

(其中1000人)

当我尝试使用

 CG_SeqP <- sapply(as.vector(CG_SeqP),order, decreasing = TRUE)

我得到了一个我认为是行号的列表，所以如果第一个IRAnge对象是27，我得到这个.

CG_SeqP[1]
[[1]]
 [1] 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10  9  8
[21]  7  6  5  4  3  2  1

因此，这种下降是有效的，但对我的实际elements>列表没有作用吗？

如有任何建议，请提前感谢。

Answer 1

Order返回序列的顺序，而不是向量的实际元素，为了提取它，让我们看看一个玩具示例(我在这里遵循您的想法)：

set.seed(1)
alist1 <- list(a = sample(1:100, 30))

因此，如果您使用当前种子值打印alist1，您将得到以下结果：

> alist1
$a
 [1] 99 51 67 59 23 25 69 43 17 68 10 77 55 49 29 39 93 16 44
[20]  7 96 92 80 94 34 97 66 31  5 24

现在，要对它们进行排序，可以使用sort函数，也可以使用order，sort只对数据进行排序，而order只返回排序序列中元素的序号。它不返回实际的序列，而是返回位置。因此，我们需要使用方括号将这些位置放在实际向量中，以获得正确的排序结果。

lapply(as.vector(alist1),function(x)x[order(x, decreasing = TRUE)])

我使用lapply而不是sapply只是作为一个列表强制执行结果。您可以自由选择您需要的任何命令。

将返回：

#> lapply(as.vector(alist1),function(x)x[order(x, decreasing = TRUE)])
#$a
# [1] 99 97 96 94 93 92 80 77 69 68 67 66 59 55 51 49 44 43 39
#[20] 34 31 29 25 24 23 17 16 10  7  5

我希望这能澄清你的疑虑。谢谢