findOverlaps和countOverlaps的联合输出

Question

我有两组IRanges要比较。我的目标是获得一个有重叠位置的输出，如果存在重叠，如果它们不重叠的话，作为负开始列出的范围的偏移。至少，如果我不能得到偏移量，我想要一个"0“来表示没有重叠。例如：

xx<-IRanges(start=c(2,9,19,31,45), end=c(3,11,23,35,49))

        IRanges of length 5
     start end width
[1]      2   3     2
[2]      9  11     3
[3]     19  23     5
[4]     31  35     5
[5]     45  49     5

和

yy<-IRanges(start=c(4,10,19,33,45), end=c(5,13,25,38,48))

IRanges of length 5
     start end width
[1]      4   5     2
[2]     10  13     4
[3]     19  25     7
[4]     33  38     6
[5]     45  48     4

使用findOverlaps + ranges给我的是：

> fo <-findOverlaps(xx,yy)
> ranges(fo, xx, yy)
IRanges of length 4
    start end width
[1]    10  11     2
[2]    19  23     5
[3]    33  35     3
[4]    45  48     4

我希望最后的输出是一个dataframe或者类似于这样的东西：

       start end width
[1]     -1   0     0
[2]     10  11     2
[3]     19  23     5
[4]     33  35     3
[5]     45  48     4

我能够使用countOverlaps和hits对象获得重叠范围的索引，以便使用findOverlaps + ranges进行比较，但是对于如何组合结果以获得所需的输出，我感到困惑。

Answer 1

library(IRanges)

f <- function(a,b)
{
  s <- max(a$start,b$start)  
  e <- min(a$end,b$end)

  if ( s <= e )
  {
    ovlp <- c( start = s,
               end   = e,
               width = e-s+1 )
  } else
  {
    ovlp <- c( start = e-s,
               end   = 0,
               width = NA )
  }

  return(ovlp)
}

findOvlp <- function( X, Y )
{
  if ( length(X) != length(Y) ){ stop("length(X) != length(Y)") }

  n <- length(X)

  X.df <- as.data.frame(X)
  Y.df <- as.data.frame(Y)

  Z <- data.frame( start = rep(NA,length(X)),
                   end   = rep(NA,length(X)),
                   width = rep(NA,length(X)) )

  for ( i in 1:n ) { Z[i,] <- f(X.df[i,],Y.df[i,]) }

  return( Z )
}

。

> xx<-IRanges(start=c(2,9,19,31,45), end=c(3,11,23,35,49))

> yy<-IRanges(start=c(4,10,19,33,45), end=c(5,13,25,38,48))

> findOvlp(xx,yy)
  start end width
1    -1   0    NA
2    10  11     2
3    19  23     5
4    33  35     3
5    45  48     4

Answer 2

我认为您需要的是pintersect函数在IRanges中。

library(IRanges)
xx <- IRanges(start=c(2,9,19,31,45), end=c(3,11,23,35,49))
yy <- IRanges(start=c(4,10,19,33,45), end=c(5,13,25,38,48))

pintersect(xx, yy)
# IRanges of length 5
#     start end width
# [1]     4   3     0
# [2]    10  11     2
# [3]    19  23     5
# [4]    33  35     3
# [5]    45  48     4

width =0表示没有重叠。