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有谁能帮我用这类数据创建一个“字符数组”：您可以通过键入gff={}将gff文件复制并粘贴到字符数组中，然后复制并“粘贴excel数据”。附加信息我需要使用.m脚本中的.gff文件(我从其他人那里获得)来解析我的序列。下面是我的剧本中与我的问题相关的部分：starts=gff(:,4);names=gff(:,9);
genelogical=strncmp
浏览 2修改于2013-11-10得票数 1
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我有一个GFF文件，这是一个标签有限的9列文件。我的Gff文件如下：为此，我编写了以下程序：from Bio.SeqFeature import SeqFeature,FeatureLocation
out_file = "outfile.gff"
浏览 1修改于2014-09-09得票数 0
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在使用GFF.write()创建文件时，我将得到一条新行，以“注释备注”作为源，然后是序列区域的ASCII编码：##sequence-region NC_011594.1gff-version=3;sequence-region=%28%27NC_011594.1%27%2C 0%2C 16971%29,%28%27NC_042493.1%27%2C 0%2C 132544852%
浏览 3修改于2020-04-24得票数 1
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我正在尝试使用BCBio GFF解析器解析一个GFF文件，我得到了以下错误。有人能帮我解决这个问题吗？回溯(最近一次调用)： for rec in GFF.parse(in_handle):
浏览 1修改于2011-04-22得票数 0
你好，我正在尝试从一个fasta文件中提取编码序列，它使用一个gff文件，借助biopython ()。我试过做本教程所描述的事情，但有些事情我似乎因为某些原因而不正确:当我迭代序列记录的特性时，只有'gff_type':'gene‘是被识别的。下面是我的gff文件的一个示例：
如您所见，我的文件清楚地包含了gff_type='CDS‘条目for rec in GFF.parse(in_handle)(CDS和gene都列
浏览 5提问于2022-05-16得票数 0
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我在一些研究论文中发现了GFF这个词。我在上找到了一条关于GFF的线，上面写着"...links不仅仅限于从一层到下一层“。是否一个层的一部分链接可以跳过下一个层，然后传送到另一个不相邻的层？
浏览 0提问于2018-07-07得票数 0
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它说：“或者，你可以使用ncbi-基因组-下载拉下FASTA文件，并将它们转换为GFF3与Prokka。”在中我应该如何将它转换成.gff3文件？
浏览 2提问于2017-01-04得票数 1
为此，我使用gff2bed脚本将.gff3文件从Ensembl转换为.bed格式。当我运行它时，我只会收到错误，告诉我该文件不是12列格式。一位同事告诉我，他也尝试在Ensembl文件上使用gff2bed，这种格式对他来说也不正确。有什么解决办法吗？
我对不同的.gff3 Ensembl文件进行了相同的尝试，结果是相同的。
浏览 7提问于2019-09-27得票数 0
我已经用GFF3商店对象(BIO: DB :SeqFeature: Store )创建了一个BioPerl DB，我自己从Blastx结果创建了GFF3文件，并创建了一系列我自己的标记作为属性。
浏览 2提问于2012-09-24得票数 0
在scikit-Bio中，是否有可能从基因组fasta文件中提取存储在gff3格式文件中的基因组特征？sequence1sequence1 source gene 1 78
浏览 2修改于2017-12-15得票数 7
我正在处理.gff3文件，试图删除目录中许多文件底部的重叠群序列。重叠群序列用##FASTA与文件的其余部分分开，我希望删除下面的所有内容(DNA序列，FASTA格式)。此脚本适用于一个文件： sed '/^##FASTA$/,$d' file1.gff > file1_altered.gff 但是当我尝试将它应用于目录中的所有文件时，我失败了，如下所示： for Fin directory/input/*; do
N=$(basename $F) sed '
浏览 36修改于2021-03-02得票数 1
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我有一个.gff文件，如下所示：
Niben044Scf00000988 . contig 1 120868 . . .
浏览 11修改于2015-02-09得票数 1
我正在试验BCBio的GFF解析器，希望我能将它用于我的工具。我从NCBI的RefSeq数据库中获取了一个测试.gbk文件，并使用它将其解析为.gff文件。#!/usr/bin/pythonfrom Bio import SeqIO
in_file = "/var/www/localhost/NC_009925.gbk
浏览 2修改于2013-11-25得票数 3
我试图从9列gff3文件中删除重叠区域。scaffold591 Source gene 3322458 3376057 0.41 - .eq 'gene') if($start < $previous_end && $end < $previous_end) @gff= @tmp; $pr
浏览 5提问于2017-11-07得票数 2
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我试图改变基因和mRNA在我的gff中的坐标。我希望像CDS和mRNA这样的其他条目不受我的代码的影响，并且仍然在我的输出中列出。我使用的代码给了我语法错误。需要知道如何才能得到所需的输出。我的投入gff：
Chr01 xyz gene 210262 212819 . - ./mRNA/) print $1,$2,$3,$4-100,$5+100,$6,$7,$8,$9 || if ($3 ~ /CDS/ || $3 ~ /exon/) print$0}&
浏览 0修改于2022-10-27得票数 -1
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在目前的任务中，教授给了我们一个gff文件，其中包含了人类基因组中所有的miRNA基因，注释为基因-MIR。这是一个grep命令，用于生成一个基因-和平号列表：但这只会产生一个包含多个重复的庞大列表。所以我试着：但这也不起作用。
浏览 1修改于2021-09-25得票数 2
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我想我应该看看Opalrb，看看它是否能将这些nwn工具转换成一种我可以使用或检查的形式；但我似乎不能让opal-build命令产生任何东西，除了尝试转换gff.rb时出现错误。我确信我已经成功地安装了gem并使用了nwn-gff。事情就是这样。干杯和感谢
浏览 0提问于2014-09-27得票数 0
我正在使用这个命令grep，在gff文件中的第一个文件中的基因列表。grep -w -f upregulated_genes_in_BEg GCA_900659725.1_ASM90065972v1_genomic.gff
这对我没用..。请有任何建议。
浏览 0修改于2021-10-04得票数 -2
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